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- PDB-2ilp: Clostridium botulinum Serotype A Light Chain inhibited by 4-chlor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ilp
タイトルClostridium botulinum Serotype A Light Chain inhibited by 4-chlorocinnamic hydroxamate
要素Botulinum neurotoxin A light-chain
キーワードHYDROLASE / Clostridium botulinum neurotoxin / Type A / substrate specificity / substrate switching / protease inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-3-(4-CHLOROPHENYL)-N-HYDROXYACRYLAMIDE / PHOSPHATE ION / Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Allen, K.N.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of Clostridium botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain Complexed with Small-Molecule Inhibitors Highlight Active-Site Flexibility.
著者: Silvaggi, N.R. / Boldt, G.E. / Hixon, M.S. / Kennedy, J.P. / Tzipori, S. / Janda, K.D. / Allen, K.N.
履歴
登録2006年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin A light-chain
B: Botulinum neurotoxin A light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,2567
ポリマ－101,6352
非ポリマー6215
水11,079615
1
A: Botulinum neurotoxin A light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1754
ポリマ－50,8171
非ポリマー3583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Botulinum neurotoxin A light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0803
ポリマ－50,8171
非ポリマー2632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.656, 67.694, 98.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細There is a dimer in the asymmetric unit, but the enzyme is biologically active as a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin A light-chain


分子量: 50817.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: Serotype A / 遺伝子: botA, atx, bna / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GB5 / (2E)-3-(4-CHLOROPHENYL)-N-HYDROXYACRYLAMIDE / 4-CHLOROCINNAMYLHYDROXAMATE / N-ヒドロキシ-4-クロロ-trans-シンナムアミド


分子量: 197.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8ClNO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10-15% PEG 2000 MMe, 0.3M (NH4)2HPO4, 0.05M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月20日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 73310 / Num. obs: 71771 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.754 / SU ML: 0.091 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21556 3626 5.1 %RANDOM
Rwork0.17281 ---
obs0.17496 68126 97.86 %-
all-71771 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å2-0.25 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6646 0 33 615 7294
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.9569240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.864311356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3815817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32924.586338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.029151182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2651530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.24738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.23376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.23402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0280.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0550.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.54233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1651.51655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21226629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76632997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5764.52611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 240 -
Rwork0.23 4898 -
obs--95.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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