PDB-2ijl: The structure of a putative ModE from Agrobacterium tumefaciens.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ijl

タイトル

The structure of a putative ModE from Agrobacterium tumefaciens.

要素

Molybdenum-binding transcriptional repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / molybdenum-binding / transcriptional repressor / structural genomics / DNA-binding protein / Agrobacterium tumefaciens / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a putative ModE from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2006年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ijl.cif.gz	58.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ijl.ent.gz	48.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ijl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ijl_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ijl_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	2ijl_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2ijl_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/2ijl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/2ijl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2npn-d 2vje-d 5xnw-d 2vjf-d 3b0o-d 3b88-d 5c8g-d 2zvc-d 4hl0-1 4ahd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc5907

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Molybdenum-binding transcriptional repressor

B: Molybdenum-binding transcriptional repressor

ヘテロ分子

32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.719, 79.536, 43.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Molybdenum-binding transcriptional repressor / AGR_C_4647p 分子量: 15489.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: modE / プラスミド: p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8UCD4, UniProt: A9CHN1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M LiSO4, 0.1M Bis-Tris ph 5.5, 25% PEG3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	0.97929	1

反射

解像度: 2.3→39.77 Å / Num. all: 10719 / Num. obs: 10719 / % possible obs: 93.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 13.913 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.239
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23623	534	4.7 %	RANDOM
R_work	0.17374	-	-	-
obs	0.17665	10719	93.96 %	-
all	-	10719	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.23 Å²	0 Å²	1.9 Å²
2-	-	-2.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1746	0	64	106	1916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	2.002	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.031	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.397	22.5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.872	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.392	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.365	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.73	1.5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.677	2	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.118	3	786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.469	4.5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	29	-
R_work	0.199	532	-
obs	-	-	64.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4577	-0.3647	1.6115	5.3183	-5.2471	14.9652	0.218	0.083	0.3001	0.2481	0.2269	-0.0543	-0.6935	0.3455	-0.4449	-0.0126	-0.0226	0.2006	-0.0434	-0.0522	0.1282	25.0311	56.7685	14.3481
2	3.3748	2.6864	-1.0215	4.269	-0.097	5.7621	0.0414	-0.3986	-0.3248	0.5065	-0.1541	-0.495	0.0371	0.589	0.1127	0.1207	0.0133	-0.0093	0.1143	0.057	0.1224	37.5542	55.6868	27.7475
3	5.6836	-4.2438	6.1087	5.8679	-6.5321	8.1106	-0.1253	0.966	-0.1222	-0.4826	-0.1881	-0.3908	0.4256	0.6019	0.3134	0.2205	-0.046	0.2061	0.1352	-0.0731	0.1279	24.9766	53.2624	4.8377
4	3.336	-2.7971	1.973	7.5371	0.4384	2.0104	-0.1237	-0.1019	-0.251	0.3323	0.2896	0.2939	-0.45	-0.0249	-0.1659	-0.1178	-0.0953	0.1296	-0.1191	-0.0412	-0.1493	18.8712	57.9885	14.7803
5	4.6601	-0.6602	-4.8965	2.8246	2.91	10.242	-0.202	-0.0086	0.4072	-0.248	0.2649	0.4034	-0.5473	-0.0538	-0.0629	-0.0024	-0.0195	0.0168	-0.0452	0.0481	-0.0328	7.6804	68.4291	10.731
6	6.1394	-2.9981	3.0397	5.3757	-2.644	4.5926	-0.0257	0.0029	-0.4668	-0.3828	0.1479	0.0706	0.5018	-0.3448	-0.1222	0.0151	-0.111	0.1669	-0.185	-0.0521	-0.0371	16.8323	49.3552	13.4851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 20	6 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 91	23 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	92 - 119	94 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	5 - 28	7 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	29 - 72	31 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	79 - 119	81 - 121

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