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万見
- PDB-2iep: Crystal structure of immunoglobulin-like domains 1 and 2 of the r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iep
タイトルCrystal structure of immunoglobulin-like domains 1 and 2 of the receptor tyrosine kinase MuSK
要素Muscle-specific kinase receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein geranylgeranylation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of motor neuron apoptotic process / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Wnt-protein binding / response to muscle activity / motor neuron apoptotic process ...positive regulation of protein geranylgeranylation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of motor neuron apoptotic process / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Wnt-protein binding / response to muscle activity / motor neuron apoptotic process / receptor clustering / neuromuscular junction development / cochlea development / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / response to axon injury / response to electrical stimulus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell projection / long-term synaptic potentiation / PDZ domain binding / neuromuscular junction / receptor protein-tyrosine kinase / memory / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / retina development in camera-type eye / protein tyrosine kinase activity / postsynaptic membrane / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / synapse / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muscle, skeletal receptor tyrosine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.205 Å
データ登録者Stiegler, A.L. / Burden, S.J. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Agrin-responsive Immunoglobulin-like Domains 1 and 2 of the Receptor Tyrosine Kinase MuSK
著者: Stiegler, A.L. / Burden, S.J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2006年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscle-specific kinase receptor
B: Muscle-specific kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1835
ポリマ－41,8942
非ポリマー2883
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Muscle-specific kinase receptor
ヘテロ分子

A: Muscle-specific kinase receptor
ヘテロ分子

A: Muscle-specific kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2267
ポリマ－62,8423
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_654-x+1,-y,z-11
Buried area6090 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area38170 Å2
手法PISA
3
A: Muscle-specific kinase receptor
B: Muscle-specific kinase receptor
ヘテロ分子

A: Muscle-specific kinase receptor
B: Muscle-specific kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,36510
ポリマ－83,7894
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.608, 118.004, 57.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Muscle-specific kinase receptor / E.C.2.7.10.1 / Muscle / skeletal receptor tyrosine protein kinase / MuSK


分子量: 20947.211 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain Ig1-2 (residues 22-212) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Musk / プラスミド: PACGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q62838, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% PEG 4000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.92014 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92014 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.205→50 Å / Num. obs: 27127 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.311 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.205→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Num. unique all: 2620 / Χ2: 1.631 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FHG

1fhg


解像度: 2.205→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 5.172 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1309 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 26130 95.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å20 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.205→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 15 175 3020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.281.9913932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23725104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83515517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3921516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21927
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.51924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23323032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73431095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8964.5900
LS精密化 シェル解像度: 2.205→2.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 85 -
Rwork0.225 1631 -
obs-1716 86.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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