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- PDB-2icy: Crystal Structure of a Putative UDP-glucose Pyrophosphorylase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2icy
タイトルCrystal Structure of a Putative UDP-glucose Pyrophosphorylase from Arabidopsis Thaliana with Bound UDP-glucose
要素Probable UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / At3g03250 / UDP / putative UDP-glucose pyrophosphorylase / Structural Genomics Functional Follow-up Study / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


callose deposition in cell wall / pollen tube / sucrose metabolic process / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / pollen development / cellular response to phosphate starvation / glycogen metabolic process / plasma membrane ...callose deposition in cell wall / pollen tube / sucrose metabolic process / UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / pollen development / cellular response to phosphate starvation / glycogen metabolic process / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex ...UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and Dynamics of UDP-Glucose Pyrophosphorylase from Arabidopsis thaliana with Bound UDP-Glucose and UTP.
著者: McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Bannen, R.M. / Kondrashov, D.A. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月9日Group: Version format compliance
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
B: Probable UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0436
ポリマ－103,5082
非ポリマー1,5354
水15,277848
1
A: Probable UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3993
ポリマ－51,7541
非ポリマー6442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3202
ポリマ－51,7541
非ポリマー5661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.008, 59.712, 89.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.32, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
モデル数2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1226-

HOH

22A-1226-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 2 / UDP-glucose pyrophosphorylase 2 / UDPGP 2 / UGPase 2


分子量: 51754.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g03250, T17B22.6 / プラスミド: PVP-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2)
参照: UniProt: Q9M9P3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#4: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, hanging drop with micro-seeding
詳細: Protein solution (10 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Tris PH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with Well solution ( 28 % PEG 2K, 5% DMSO, 0.10 M MES/Acetate pH 5.5), ...詳細: Protein solution (10 mg/ml protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Tris PH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with Well solution ( 28 % PEG 2K, 5% DMSO, 0.10 M MES/Acetate pH 5.5), crystals soaked in well solution supplemented with 0.002 M UDP-glucose, vapor diffusion, hanging drop with micro-seeding, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→38.25 Å / Num. all: 118994 / Num. obs: 118994 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Limit h max: 112 / Limit h min: -114 / Limit k max: 36 / Limit k min: -114 / Limit l max: 54 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2130663.21 / Observed criterion F min: 9.7 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.64-1.683.30.2953.89465940.98683.1
1.68-1.7240.25879461.00999.6
1.72-1.774.30.20980291.049100
1.77-1.824.30.17179681.041100
1.82-1.884.40.13280091.077100
1.88-1.944.40.10379611.061100
1.94-2.024.40.08279971.005100
2.02-2.114.40.07180081.036100
2.11-2.234.40.06680091.006100
2.23-2.374.40.05880410.967100
2.37-2.554.50.04780220.992100
2.55-2.84.50.04280470.957100
2.8-3.214.50.04480780.949100
3.21-4.044.40.03380981.086100
4.04-504.20.03281870.82499

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.54 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.229
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å46.61 Å
Translation3.5 Å46.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1Z90

1z90


解像度: 1.64→38.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: The structure was refined using multiple conformers. Chains A and B of MODEL 1 and Chains A and B of MODEL 2 were refined as alternate conformers such that they both contributed to the total ...詳細: The structure was refined using multiple conformers. Chains A and B of MODEL 1 and Chains A and B of MODEL 2 were refined as alternate conformers such that they both contributed to the total structure factor but did not interact with each other. The multiple models were necessary to account for the observable electron density and shows conformational changes that occur during the binding of UDP-glucose, with UDP-glucose bound (UPG 902) in chain B of model 1 and uridine-5'-monophosphate (U5G 903) in chain B of model 2. Waters common to both models are listed under both MODEL 1 and MODEL 2 with partial occupancies of 0.5. waters unique to MODEL 1 are assigned residue numbers 1001 TO 1050 and waters unique to MODEL 2 are assigned residue numbers 2001 TO 2006.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 5964 5 %random
Rwork0.183 ---
all-119685 --
obs-118994 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 44.3135 Å2 / ksol: 0.305117 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.55 Å2 / Biso mean: 25.74 Å2 / Biso min: 5.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å2-0.6 Å2
2--2.32 Å20 Å2
3----1.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.1 Å
Luzzati d res high-1.64
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7152 0 76 848 8076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.64-1.720.3197375.20.266134880.012148781422595.6
1.72-1.810.29174550.214141550.011149381490099.7
1.81-1.920.26974950.192141420.01149261489199.8
1.92-2.070.247855.30.187140950.009148971488099.9
2.07-2.280.22274550.179141860.008149401493199.9
2.28-2.610.2357214.80.176142410.009149711496299.9
2.61-3.280.2157144.80.181143150.0081503415029100
3.28-38.250.1997685.10.174144080.007152521517699.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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