PDB-2ich: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ATTH (NE1406) FROM NITROSOMONAS E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ich

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ATTH (NE1406) FROM NITROSOMONAS EUROPAEA AT 2.00 A RESOLUTION

要素

Putative AttH

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

AttH-like fold / AttH-like domain / AttH domain / AttH-like domain superfamily / CrtC N-terminal lipocalin domain / Lipocalin-like domain / Beta Barrel / Mainly Beta / Putative AttH

機能・相同性情報

生物種

Nitrosomonas europaea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of the first representative of Pfam family PF09410 (DUF2006) reveals a structural signature of the calycin superfamily that suggests a role in lipid metabolism.
著者: Chiu, H.J. / Bakolitsa, C. / Skerra, A. / Lomize, A. / Carlton, D. / Miller, M.D. / Krishna, S.S. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / ...

履歴

登録	2006年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2ich.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ich.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ich_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ich_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	2ich_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	2ich_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ich ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/2ich	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dxy-d 4p5f-2 3gu2-d 2d2g-d 3gu1-d 1rjd-2 4ncs-d 6ur0-1 6ur1-1 1qk2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 360535

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative AttH

B: Putative AttH

ヘテロ分子

76.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative AttH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative AttH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.275, 95.573, 121.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	24 - 74	3 - 53
2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	24 - 74	3 - 53
1	2	SER	SER	VAL	VAL	A	A	83 - 351	62 - 330
2	2	SER	SER	VAL	VAL	B	B	83 - 351	62 - 330

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative AttH 分子量: 37853.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア) 遺伝子: NP_841447.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82US3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 9 詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.1M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97939,0.94926,0.97925

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月11日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97939	1
2	0.94926	1
3	0.97925	1

反射

解像度: 2→29.161 Å / Num. obs: 49800 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.05	3.5	0.599	1.3	12427	3542	0.599	95.9
2.05-2.11	3.6	0.522	1.4	12412	3486	0.522	96.8
2.11-2.17	3.6	0.419	1.8	12085	3388	0.419	96.5
2.17-2.24	3.5	0.511	1.5	11474	3265	0.511	97.1
2.24-2.31	3.3	0.326	2	10600	3178	0.326	96.8
2.31-2.39	3.6	0.288	2.6	11190	3130	0.288	97.4
2.39-2.48	3.6	0.245	3.1	10758	3006	0.245	98.1
2.48-2.58	3.6	0.205	3.6	10606	2960	0.205	99
2.58-2.7	3.6	0.18	4.2	10291	2856	0.18	99.3
2.7-2.83	3.6	0.146	5	9996	2741	0.146	100
2.83-2.98	3.7	0.112	6.5	9641	2615	0.112	100
2.98-3.16	3.7	0.088	8	9254	2493	0.088	100
3.16-3.38	3.7	0.076	9	8633	2328	0.076	100
3.38-3.65	3.6	0.08	8	7851	2160	0.08	99.4
3.65-4	3.6	0.08	7.9	7191	2024	0.08	99.8
4-4.47	3.7	0.058	10.3	6709	1833	0.058	100
4.47-5.16	3.6	0.055	10.9	5965	1641	0.055	100
5.16-6.32	3.6	0.06	9.9	5059	1409	0.06	100
6.32-8.94	3.5	0.055	10.9	3854	1109	0.055	100
8.94-29.16	3.2	0.049	11.7	2052	636	0.049	96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→29.161 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.906 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.164
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	2528	5.1 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	49646	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5086	0	49	394	5529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.935	7303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	10811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.704	5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.461	23.231	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.549	15	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.374	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.117	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.221	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.085	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.283	3	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.754	3	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.228	5	5223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.563	8	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.089	11	2080

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	295	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	491	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
1	295	MEDIUM THERMAL	1.11	2
1	491	LOOSE THERMAL	2.27	10
2	1566	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
2	2408	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
2	1566	MEDIUM THERMAL	1.07	2
2	2408	LOOSE THERMAL	2.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	188	-
R_work	0.239	3351	-
obs	-	3539	95.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8519	-0.2278	0.2553	1.1405	0.0967	0.4689	0.0141	-0.0432	0.0212	0.045	-0.0036	0.0346	-0.0022	-0.0071	-0.0105	-0.0806	-0.0043	0.0021	-0.0334	-0.0077	-0.078	9.458	20.6167	16.7779
2	1.0715	-0.2441	-0.1999	0.9823	0.128	0.5227	-0.0053	-0.0143	-0.003	0.0181	-0.0203	0.0472	0.0334	-0.0322	0.0256	-0.0542	-0.0155	-0.014	-0.0724	0.0067	-0.0912	25.2926	35.4055	49.549

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	24 - 351	3 - 330
2	2	B	B	24 - 352	3 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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