PDB-2iaz: Crystal structure of a Conserved Protein of Unknown Function SP13...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iaz

タイトル

Crystal structure of a Conserved Protein of Unknown Function SP1372 from Streptococcus pneumoniae

要素

Hypothetical protein SP1372

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Streptococcus pneumoniae / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

YheA/YmcA-like / Control of competence regulator ComK, YlbF/YmcA / YheA/YmcA-like domain superfamily / Control of competence regulator ComK, YlbF/YmcA / YheA-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha / UPF0342 protein SP_1372

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhang, R. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a conserved hypothetical protein SP1372 from Streptococcus pneumoniae
著者: Zhang, R. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iaz.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iaz.ent.gz	77.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iaz_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iaz_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	2iaz_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	2iaz_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/2iaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5v4e-1 3v95-d 5k65-d 1im3-2 1im3-1 3b0a-d 6p6d-d 5ubx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC80495

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein SP1372

B: Hypothetical protein SP1372

C: Hypothetical protein SP1372

D: Hypothetical protein SP1372

50.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.808, 86.715, 93.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

It seems this protein exists as tetramer. The deposited coords. of molecules A,B,C,D represent the tetramer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Hypothetical protein SP1372 分子量: 12666.843 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP1372 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97Q59
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hypothetical protein SP1372

分子量: 12666.843 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP1372 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97Q59

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→33.63 Å / Num. all: 20205 / Num. obs: 20102 / % possible obs: 99.49 % / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 40.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.462 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1480 / % possible all: 99.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→33.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 20.906 / SU ML: 0.246 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.297
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28902	1088	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22872	-	-	-
all	0.23188	20102	-	-
obs	0.23188	20102	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.032 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3438	0	0	105	3543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.976	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.027	3	5877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.935	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.622	26.364	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.616	15	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.326	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.363	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.065	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.183	1.5	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.188	1.5	892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.36	2	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.2	3	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.212	4.5	1209

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	69	-
R_work	0.258	1472	-
obs	-	1472	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6816	-0.1979	0.1029	3.3638	-0.7458	0.6522	0.0921	-0.1411	0.0262	-0.1029	0.0412	0.2282	0.1404	-0.1654	-0.1333	-0.1034	-0.0819	0.0263	-0.0359	0.0307	-0.0888	36.2014	27.3131	5.6519
2	1.0009	-0.7468	-0.1809	2.1884	0.0898	0.034	0.0062	0.0301	0.0205	-0.1053	0.0435	0.007	0.008	0.0536	-0.0496	-0.0396	0.002	-0.0446	-0.0087	-0.0022	-0.0568	39.341	28.9273	39.3024
3	0.7036	0.1591	-0.8797	0.4094	-0.3318	4.3995	-0.1894	-0.0172	-0.0636	0.0354	-0.024	-0.2084	0.1428	0.0773	0.2133	-0.1341	0.0518	0.016	-0.0454	-0.0019	-0.0441	46.5707	46.2894	19.4139
4	0.5845	-0.5816	0.3911	0.9493	-0.1789	3.289	-0.259	0.0898	0.1844	-0.0808	0.0208	0.0047	-0.1151	0.5281	0.2382	-0.1122	-0.12	-0.0351	0.0159	0.0422	-0.0697	47.0952	10.547	25.6588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 50	2 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 111	52 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 50	2 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	51 - 112	52 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 51	3 - 52
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	52 - 108	53 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 50	2 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	51 - 112	52 - 113

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