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- PDB-2i7k: Solution Structure of the Bromodomain of Human BRD7 Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i7k
タイトルSolution Structure of the Bromodomain of Human BRD7 Protein
要素Bromodomain-containing protein 7
キーワードTRANSCRIPTION / Helix / Left-handed four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / regulation of mitotic cell cycle / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / Wnt signaling pathway / kinetochore / nuclear matrix / transcription corepressor activity / p53 binding / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily ...Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Sun, H. / Liu, J. / Zhang, J. / Huang, H. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of BRD7 bromodomain and its interaction with acetylated peptides from histone H3 and H4
著者: Sun, H. / Liu, J. / Zhang, J. / Shen, W. / Huang, H. / Xu, C. / Dai, H. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2006年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9181
ポリマ－13,9181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 7 / 75 kDa bromodomain protein / Protein CELTIX-1


分子量: 13918.069 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: brain / 遺伝子: BRD7 / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NPI1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
1223D 15N-separated NOESY
132CBCA(CO)NH
142CBCANH
15215N-TOCSY
162HBHA(CBCACO)NH
1723D HNCO
1823D HN(CA)CO
192C(CO)NH-TOCSY
1102H(CCO)NH-TOCSY
11133D 13C-separated NOESY
11233D (H)CCH-TOCSY
11333D (H)CCH-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6mM BRD7 bromodomain U-15N; 50mM phosphate buffer (pH 6.1), 50mM NaCl, 1mM DTT, 5mM EDTA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6mM BRD7 bromodomain U-15N,13C; 50mM phosphate buffer (pH 6.1), 50mM NaCl, 1mM DTT, 5mM EDTA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6mM BRD7 bromodomain U-15N,13C; 50mM phosphate buffer (pH 6.1), 50mM NaCl, 1mM DTT, 5mM EDTA; 99.96% D2O99.96% D2O
試料状態pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5brukercollection
NMRPipe2.3Frank Delaglio解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
CNS1.1精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1871 restraints, 1672 are NOE-derived distance constraints, 115 dihedral angle restraints, 84 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 20 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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