PDB-2i5r: Structure of small Toprim domain-containing protein from B. stear...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i5r

タイトル

Structure of small Toprim domain-containing protein from B. stearothermophilus in complex with Mg2+

要素

Toprim domain-containing protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Toprim domain / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease M5 activity / rRNA processing / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Borek, D. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Moy, S.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure and putative function of small Toprim domain-containing protein from Bacillus stearothermophilus.
著者: Rezacova, P. / Borek, D. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Otwinowski, Z.

履歴

登録	2006年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月11日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

sequence The sequence of this protein is not available in uniprot database at the time of processing

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i5r.cif.gz	95.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i5r.ent.gz	75 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/2i5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fcjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fcj-1 4ec6-4 1k8u-d 1o77-2 3rur-2 1dxm-2 5m2u-2 4ec6-5 2yq0-d 3h3i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC35832

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (3) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Toprim domain-containing protein

B: Toprim domain-containing protein

C: Toprim domain-containing protein

ヘテロ分子

43 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Toprim domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Toprim domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Toprim domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.667, 73.031, 114.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 110 / Label seq-ID: 8 - 113

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Toprim domain-containing protein 分子量: 13990.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5KVJ9*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 222分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.85 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES pH 6.5, 26% PEG3350, 18% glycerol, soaking in 25mM Magnesium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 38487 / Num. obs: 38256 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 27.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3622 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→25.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.641 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20799	1903	5 %	RANDOM
R_work	0.17135	-	-	-
obs	0.17322	35991	99.58 %	-
all	-	36143	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2813	0	60	211	3084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.989	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.9	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.713	22.53	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.35	15	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.972	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.5	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.044	2	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.829	3	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.731	4.5	1232

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 740 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.63	0.5
2	B	medium positional	0.57	0.5
3	C	medium positional	0.73	0.5
1	A	medium thermal	0.9	2
2	B	medium thermal	0.87	2
3	C	medium thermal	1.08	2

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	141	-
R_work	0.197	2602	-
obs	-	-	98.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5345	2.0738	-1.8774	11.2772	6.362	17.9757	0.2788	0.128	0.0606	0.4126	0.4322	-0.443	0.1285	0.199	-0.7111	-0.0404	0.0208	0.0154	0.0084	-0.0101	-0.0414	5.409	51.056	-11.222
2	3.4878	1.3965	-1.9466	3.9502	-2.2174	10.2668	0.0974	-0.1796	0.1956	0.1054	0.0116	0.393	-0.5113	-0.3047	-0.109	-0.0387	0.0086	-0.0179	0.0122	-0.0016	-0.0243	1.881	50.114	7.829
3	8.1228	1.2941	1.8466	9.4253	-0.8285	14.7374	-0.2295	0.2075	0.5648	-0.2428	0.1503	0.2989	-0.6481	0.1851	0.0792	0.0919	-0.0411	-0.0533	-0.0268	0.0229	0.0091	7.238	57.211	0.988
4	12.2869	10.9597	-15.9616	14.9655	-16.8955	37.6469	-0.1877	-0.091	-0.2698	-0.2032	0.1158	0.3175	0.6894	-1.2222	0.0718	-0.0526	-0.0262	-0.0435	0.0366	0.0154	0.0109	-1.454	45.504	6.488
5	10.2483	3.7181	-7.9367	11.7964	-6.7092	10.2379	0.2679	0.4823	-0.6383	-0.8716	0.1341	1.4771	0.5723	-0.579	-0.402	0.1166	-0.0253	-0.2059	-0.0131	-0.0356	0.3033	-0.762	36.581	-0.019
6	3.0588	-1.8377	-3.1811	4.4803	4.2092	8.5643	-0.0157	-0.2643	-0.0587	0.3104	0.3576	-0.1807	0.1395	0.3239	-0.3419	-0.0613	-0.0016	-0.0579	-0.014	0.0067	-0.0205	7.476	42.015	12.719
7	4.4537	-1.738	2.1924	15.1159	8.2899	14.0601	-0.0906	-0.0276	-0.3101	0.2437	0.0908	0.3987	0.8122	-0.3059	-0.0002	0.0298	-0.0323	-0.0168	-0.0178	0.0544	0.0348	5.38	33.942	11.033
8	2.2251	3.6845	3.1071	7.9428	5.9437	6.4635	0.2028	-0.0984	-0.1955	0.2437	-0.0529	-0.2282	0.3831	0.0591	-0.1499	-0.0004	-0.0091	-0.0429	-0.0029	0.0198	0.0077	11.325	42.399	11.197
9	1.4305	2.2906	-0.0307	7.5866	-1.454	2.266	0.0524	-0.0834	0.0169	0.3185	-0.0599	0.2795	-0.0734	-0.139	0.0075	-0.0504	-0.0421	-0.0322	-0.0077	0.0065	-0.0395	11.635	54.319	13.417
10	15.7409	1.6489	3.1832	9.4453	0.6527	8.7561	-0.3413	0.765	-0.4455	-0.3876	0.1503	-0.2661	-0.1276	0.8274	0.191	0.021	-0.0726	0.019	0.0929	-0.0362	-0.0339	15.184	52.32	1.763
11	34.3509	0.1035	7.5271	15.1661	-1.4199	67.6545	-0.3757	-0.7145	0.7589	-0.6298	0.1588	0.4422	-1.2688	0.8413	0.2169	0.0419	-0.0522	-0.0646	0.0043	0.0677	0.1077	12.147	63.889	6.072
12	30.874	-11.5365	-21.5886	43.6482	53.7181	68.0742	1.228	2.5318	-1.0074	-2.5472	-1.6565	0.5939	-2.3089	-2.4176	0.4285	0.0437	0.043	-0.0387	0.1527	-0.0856	-0.0278	16.255	19.555	-29.807
13	3.6542	0.4324	-0.1207	3.1899	0.5088	5.3321	-0.0789	-0.2033	-0.2437	0.2	0.0909	-0.2513	0.046	0.1346	-0.0119	-0.0739	0.0213	0.0019	-0.049	-0.0045	-0.0054	18.905	21.914	-13.27
14	3.0946	-0.7714	-3.9203	6.8824	9.5716	19.0653	0.1894	-0.2678	0.4782	-0.1466	0.4878	-0.4524	-0.589	0.7641	-0.6772	-0.0322	-0.0069	0.0395	-0.0126	-0.0498	0.0913	23.072	36.754	-19.994
15	3.5216	0.4897	0.1672	3.6185	0.7602	4.6575	-0.0336	0.1382	-0.0255	0.0005	0.1353	0.0278	-0.0834	-0.404	-0.1017	-0.0871	0.0183	-0.0038	-0.0756	0.0029	-0.0194	13.853	28.657	-16.822
16	7.2101	-6.5697	4.6697	21.1366	-9.2395	16.8376	-0.3738	-0.6283	0.4148	1.7258	0.1818	-0.2977	-1.1834	-0.3267	0.192	0.13	0.0221	-0.0117	-0.0094	-0.0592	0.0217	13.695	36.823	-6.503
17	2.889	-1.9213	-1.0987	8.2206	1.2255	10.4101	-0.111	0.0609	0.1867	-0.039	-0.0279	0.0411	-0.2982	-0.116	0.1389	-0.0527	0.0328	0.0258	-0.0221	0.0135	0.0309	14.033	38.633	-17.565
18	3.5204	1.9322	-6.611	12.2489	-16.7753	32.9528	0.276	0.1508	0.2454	0.1296	0.1758	0.5531	0.3129	-0.6296	-0.4519	-0.0461	-0.0131	0.0378	-0.001	-0.0031	0.0379	7.299	28.377	-10.958
19	9.5429	-5.1175	-1.7102	12.2214	3.1223	5.7168	-0.1749	-0.4224	0.0532	1.0372	-0.1754	-0.1482	0.1012	0.216	0.3503	0.1925	-0.0203	0.0029	0.0376	0.0252	0.046	10.068	24.124	-0.796
20	2.2936	0.2508	0.6213	6.565	-1.2294	17.3845	-0.0224	0.022	-0.259	0.3552	-0.0486	0.4386	0.3978	-0.7263	0.071	-0.0479	-0.0451	0.0468	-0.0075	-0.0381	0.0416	5.719	18.012	-10.451
21	2.5317	1.4621	1.5846	12.6495	-8.4405	10.6415	-0.1019	0.0551	-0.1985	-0.4892	-0.0774	-0.5157	0.712	-0.0652	0.1794	-0.0158	-0.0152	0.0284	-0.0016	-0.0437	0.0586	8.25	12.872	-15.631
22	12.6488	6.5986	8.2428	4.2915	16.1036	169.4362	-0.04	-0.4796	-0.6909	0.495	-0.0602	0.131	9.5119	0.362	0.1002	0.5827	0.0138	0.1019	0.1494	0.0911	0.141	5.864	8.332	0.223
23	1.313	-0.3187	0.9532	2.5368	-0.9897	8.7451	0.0461	0.1306	0.0015	-0.2215	-0.0297	-0.0515	0.0898	0.215	-0.0164	-0.1205	0.0151	-0.0083	-0.0734	-0.0138	-0.0709	18.607	25.43	22.951
24	4.0293	2.7502	1.1645	2.2564	2.683	9.7363	0.0344	0.0058	-0.25	-0.0961	0.2122	-0.1104	0.6599	0.0621	-0.2465	-0.0227	0.0401	-0.0281	-0.0565	-0.028	-0.0285	16.209	17.215	23.419
25	2.1023	3.5458	4.9994	8.5609	8.3343	12.8669	-0.0425	0.1735	-0.1039	-0.0264	0.1798	-0.2653	-0.0008	0.4304	-0.1374	-0.1246	-0.0021	-0.0039	-0.0651	-0.0077	-0.0558	22.827	28.337	26.103
26	6.0241	3.419	4.3462	2.0755	1.0568	17.851	-0.0686	0.341	-0.1882	-0.2611	0.1632	-0.0777	0.2648	0.194	-0.0946	-0.0656	-0.0181	-0.0117	-0.0635	-0.0021	-0.025	24.867	39.547	24.233
27	2.8813	-0.0092	1.0602	2.4519	-1.8898	6.6529	-0.0355	0.3574	0.0257	-0.2184	0.003	-0.0326	-0.1263	0.3114	0.0325	-0.0942	-0.0048	-0.0188	-0.0625	-0.0138	-0.0758	17.073	32.49	20.414
28	1.6684	0.8025	-0.8566	8.4676	-3.3824	3.2755	-0.012	-0.0945	0.0416	0.2979	-0.1529	-0.0165	-0.1622	-0.009	0.1649	-0.089	-0.0051	-0.0157	-0.0788	-0.0143	-0.0684	16.774	36.385	34.66
29	1.8479	2.1973	-0.7411	11.9467	-6.0099	5.2357	-0.0764	0.0278	0.224	0.2374	-0.0866	-0.1417	-0.4005	0.1305	0.163	-0.0729	-0.0014	-0.0382	-0.0692	-0.0031	-0.0268	13.005	37.025	26.873
30	3.2221	-0.6565	1.541	1.315	0.223	2.746	0.044	-0.2106	-0.181	0.204	-0.0433	0.0347	0.2167	-0.0888	-0.0007	-0.0395	-0.0036	-0.003	-0.0229	0.0018	-0.0311	13.658	22.05	38.809
31	5.0221	0.5783	3.0261	4.5654	-0.9454	7.7975	0.0997	-0.0764	0.0304	0.0748	-0.0643	0.0583	0.1957	-0.1508	-0.0354	-0.1011	-0.0003	-0.0163	-0.1117	-0.0337	-0.0612	7.204	18.594	29.005
32	2.5134	-0.5733	-0.3741	24.2282	-10.6905	7.0438	-0.0062	0.0486	-0.1064	-0.4553	-0.1918	-0.477	0.4336	0.1521	0.198	-0.006	-0.0042	-0.0232	-0.0526	-0.0164	-0.024	10.392	13.119	22.256
33	11.3295	0.8043	-3.3314	14.2678	-5.2247	13.4945	0.0799	-0.8069	0.0136	1.0599	0.1794	0.7705	-0.5417	-0.364	-0.2593	0.02	0.0209	0.0237	0.0599	-0.0216	0.0612	5.167	9.713	33.03

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 5	4 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	6 - 20	9 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	21 - 26	24 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	27 - 35	30 - 38
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	36 - 52	39 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	53 - 64	56 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	65 - 72	68 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	73 - 87	76 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	88 - 101	91 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	102 - 108	105 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	109 - 114	112 - 117
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	2 - 5	5 - 8
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	6 - 35	9 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	36 - 48	39 - 51
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	49 - 60	52 - 63
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	61 - 68	64 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	69 - 77	72 - 80
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	78 - 83	81 - 86
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	84 - 93	87 - 96
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	94 - 104	97 - 107
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	105 - 113	108 - 116
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	114 - 119	117 - 122
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	3 - 16	6 - 19
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	C	17 - 26	20 - 29
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	C	27 - 35	30 - 38
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	C	36 - 44	39 - 47
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	C	45 - 58	48 - 61
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	C	59 - 71	62 - 74
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	C	72 - 82	75 - 85
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	C	83 - 93	86 - 96
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	C	94 - 105	97 - 108
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	C	106 - 111	109 - 114
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	C	112 - 117	115 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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