[日本語] English
万見
- PDB-2i5d: Crystal Structure of Human Inosine Triphosphate Pyrophosphatase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i5d
タイトルCrystal Structure of Human Inosine Triphosphate Pyrophosphatase
要素inosine triphosphate pyrophosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Monomeric protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ITP catabolic process / deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / Ribavirin ADME ...ITP catabolic process / deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / 8-oxo-(d)RTP hydrolase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / Ribavirin ADME / Purine catabolism / chromosome organization / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine triphosphate pyrophosphatase / Ham1-like protein / Ham1 family / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine triphosphate pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Porta, J.C. / Kozmin, S.G. / Pavlov, Y.I. / Borgstahl, G.E.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of the orthorhombic form of human inosine triphosphate pyrophosphatase.
著者: Porta, J. / Kolar, C. / Kozmin, S.G. / Pavlov, Y.I. / Borgstahl, G.E.O.
履歴
登録2006年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: inosine triphosphate pyrophosphohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7511
ポリマ－21,7511
非ポリマー00
水4,107228
1
A: inosine triphosphate pyrophosphohydrolase

A: inosine triphosphate pyrophosphohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5022
ポリマ－43,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.126, 104.990, 49.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-233-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質 inosine triphosphate pyrophosphohydrolase / ITPA / Inosine triphosphate pyrophosphatase / ITPase / Inosine triphosphatase / Putative oncogene ...ITPA / Inosine triphosphate pyrophosphatase / ITPase / Inosine triphosphatase / Putative oncogene protein hlc14-06-p


分子量: 21750.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITPA, C20orf37 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2
参照: UniProt: Q9BY32, nucleoside-triphosphate diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 27% PEG 3350 100mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic VariMax Confocal Max-Flux Optic
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→105 Å / Num. all: 20838 / Num. obs: 20838 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 35.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 20838 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 98.2

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.493 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.388
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å31.13 Å
Translation3 Å31.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CAR

2car


解像度: 1.63→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.335 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1075 5.2 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.193 19784 --
obs-19784 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1660 0 0 228 1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.9792335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4635225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31724.44481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0815293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.011512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9161.51100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46321738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4753686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6184.5597
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 78 -
Rwork0.329 1392 -
obs-1470 96.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る