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万見
- PDB-2i51: CRYSTAL STRUCTURE OF a pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i51
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN binding protein (NPUN_F5749) FROM NOSTOC PUNCTIFORME PCC 73102 AT 1.40 A RESOLUTION
要素Uncharacterized conserved protein of COG5135
キーワードFLAVOPROTEIN / PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE OXIDASE-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxamine phosphate oxidase activity / pyridoxine biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, probable FMN-dependent, Alr4036 family / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, Alr4036 family, FMN-binding domain / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding / Alr4036 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Uncharacterized conserved protein of COG5135 (ZP_00109616.1) from Nostoc punctiforme PCC 73102 at 1.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY DATA SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. A suitable database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized conserved protein of COG5135
B: Uncharacterized conserved protein of COG5135
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,63825
ポリマ－45,3922
非ポリマー2,24623
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint36 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.647, 65.928, 112.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY DATA SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized conserved protein of COG5135


分子量: 22695.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: ZP_00109616.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YQ04, UniProt: B2J933*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 277 K
詳細: 20.0% Glycerol, 24.0% PEG-1500, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
21
11
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL1-510.978489
シンクロトロンSSRL BL11-120.979264,0.911617
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年7月7日1m long Rh coated bent cylindrical mirror forhorizontal and vertical focussing
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年7月2日Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9784891
20.9792641
30.9116171
反射解像度: 1.397→29.386 Å / Num. obs: 96246 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 15.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 2

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.4-1.444.60.73189669100.0101698
1.44-1.484.70.83217868990.874100
1.48-1.524.713139867160.758100
1.52-1.574.71.23056165130.604100
1.57-1.624.71.52943862770.488100
1.62-1.674.71.52883661190.395100
1.67-1.744.72.32794859390.31799.9
1.74-1.814.72.92660156530.254100
1.81-1.894.73.92589355080.184100
1.89-1.984.74.72447251990.14299.8
1.98-2.094.76.22325549440.10799.8
2.09-2.216.43.63047547490.157100
2.21-2.376.44.42871144800.135100
2.37-2.566.44.52646741350.126100
2.56-2.86.35.12406438230.116100
2.8-3.136.15.42132235030.10999.9
3.13-3.615.86.21756230520.09298.7
3.61-4.436.47.81683826360.0799.6
4.43-6.266.18.21241520490.06799.2
6.26-29.445.79.3652011420.06694.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→29.386 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.907 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.054
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. RESIDUES B134-137 ARE DISORDERED AND WERE NOT MODELED. 5. FMN MODELED BASED ON PROPOSED FUNCTION AND DENSITY. 6. ETHYLENE GLYCOL AND GLYCEROL MODELED BASED ON CRYSTALLIAZTION CONDITIONS. 7. THERE IS UNMODELED DENSITY NEAR A45, A115, AND B153.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 4853 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.166 96170 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3120 0 148 359 3627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.9794706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97435908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5415414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68622.989174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.1615519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9051536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.22783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21895
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3310.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.13532069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5063768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.06553251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.32181684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.091111440
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 318 -
Rwork0.323 6569 -
obs-6887 97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22450.20980.08720.52160.30821.0564-0.04550.05650.0301-0.0911-0.01290.0541-0.08170.00310.0585-0.03760.0012-0.0072-0.0460.0014-0.038948.027962.10664.2312
20.48490.09010.12570.68780.44651.139-0.0204-0.07640.0620.0024-0.05460.1077-0.1309-0.0390.075-0.0276-0.00090.0093-0.0591-0.0142-0.023447.254373.097924.3294
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 1942 - 195
22BB0 - 1941 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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