PDB-2i2j: NMR structure of UA159sp in TFE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i2j

タイトル

NMR structure of UA159sp in TFE

要素

Competence stimulating peptide

キーワード

SIGNALING PROTEIN / helix

機能・相同性

Competence protein, ComC / COMC family / pheromone activity / establishment of competence for transformation / extracellular region / Competence stimulating peptide / ComC/BlpC family leader-containing pheromone/bacteriocin

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Syvitski, R.T. / Jakeman, D.L. / Li, Y.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: Structure-Activity Analysis of Quorum-Sensing Signaling Peptides from Streptococcus mutans.
著者: Syvitski, R.T. / Tian, X.L. / Sampara, K. / Salman, A. / Lee, S.F. / Jakeman, D.L. / Li, Y.H.

履歴

登録	2006年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年3月4日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i2j.cif.gz	203.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i2j.ent.gz	162.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2i2j_validation.pdf.gz	361.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2i2j_full_validation.pdf.gz	559.3 KB	表示
XML形式データ	2i2j_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	2i2j_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i2hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Competence stimulating peptide

2.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	34 / 100	non-violating structures
代表モデル	モデル #1	average of the 33 structures

#1: タンパク質・ペプチド	Competence stimulating peptide 分子量: 2365.691 Da / 分子数: 1 / 断片: Competence stimulating peptide / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence of this peptide can be found in Streptococcus mutans. 由来: (合成) Streptococcus mutans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1WBY9, UniProt: Q99QI5*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	150ms TOCSY
1	2	1	250ms NOESY
1	3	1	DOSY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM peptide, 100% TFE / 溶媒系: 100% TFE
試料状態	圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	Brunger A.T. et al.	精密化
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
Sparky	3.1	UCSF	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: average of the 33 structures

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: non-violating structures
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 34

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関連情報:EMDBヘッダ

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