PDB-2i2h: NMR structure of TPC3 in TFE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i2h

タイトル

NMR structure of TPC3 in TFE

要素

signaling peptide TCP3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / helix

機能・相同性

Competence protein, ComC / COMC family / pheromone activity / establishment of competence for transformation / extracellular region / Competence stimulating peptide

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Syvitski, R.T. / Jakeman, D.L. / Li, Y.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2007
タイトル: Structure-Activity Analysis of Quorum-Sensing Signaling Peptides from Streptococcus mutans.
著者: Syvitski, R.T. / Tian, X.L. / Sampara, K. / Salman, A. / Lee, S.F. / Jakeman, D.L. / Li, Y.H.

履歴

登録	2006年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i2h.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i2h.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i2jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m17-11 2mzm-d 1jd8-d 7jgx-d 3m17-10 1dep-d 2ruo-d 6hng-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: signaling peptide TCP3

2.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / 100	non-violating structures
代表モデル	モデル #1	average of the 21 structures

#1: タンパク質・ペプチド	signaling peptide TCP3 分子量: 2080.327 Da / 分子数: 1 / 断片: Competence stimulating peptide / 変異: 3 amino acid truncation of WT / 由来タイプ: 合成詳細: mutated organism, the sequence of this peptide can be found in Streptococcus mutants JH1005 参照: UniProt: Q9APK6*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	150ms TOCSY
1	2	1	250ms NOESY
1	3	1	DOSY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM peptide, 100% TFE / 溶媒系: 100% TFE
試料状態	圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	Brunger A.T. et al.	精密化
XwinNMR	2.6		collection
Sparky	3.1		データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: average of the 21 structures

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: non-violating structures
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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