PDB-2i26: Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen recepto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i26

タイトル

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor ancestral variable domain in complex with lysozyme

要素

Lysozyme C
New Antigen Receptor Ancestral

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / protein-protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T cell receptor complex / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / peptide antigen binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Maturation of Shark Single-domain (IgNAR) Antibodies: Evidence for Induced-fit Binding.
著者: Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Verdino, P. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2006年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, A UNP REFERENCE SEQUENCE WAS NOT AVAILABLE FOR THE NEW ANTIGEN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i26.cif.gz	149.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i26.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i24C 2i25C 2i27C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qdh-d 2i25-2 1ewh-1 6efc-d 6w3s-2 1scf-1 6w3y-2 3ckg-d 6w3x-2 6w3p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

N: New Antigen Receptor Ancestral

L: Lysozyme C

O: New Antigen Receptor Ancestral

M: Lysozyme C

P: New Antigen Receptor Ancestral

Q: Lysozyme C

ヘテロ分子

83.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

N: New Antigen Receptor Ancestral

L: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

O: New Antigen Receptor Ancestral

M: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

P: New Antigen Receptor Ancestral

Q: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.300, 64.694, 159.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	New Antigen Receptor Ancestral 分子量: 13294.453 Da / 分子数: 3 / 断片: variable domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ) プラスミド: pims100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): xl1-blue / 参照: UniProt: Q8JGG7
#2: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 11% PEG 4000, 1.8M ammonium sulfate, 0.1M BES, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45.64 Å / Num. all: 23397 / Num. obs: 23397 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.1 Å² / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3186 / R_sym value: 0.546 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→45.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 24.136 / SU ML: 0.258 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2915	1129	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1994	-	-	-
obs	0.20381	22228	100 %	-
all	-	22228	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.499 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5668	0	30	112	5810

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	5810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.846	1.923	7872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.038	3.008	9449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.498	5	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.132	23.466	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.226	15	949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.337	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.234	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	1.5	4595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.183	1.5	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.204	2	5780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.066	3	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.082	4.5	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.44	70	-
R_work	0.263	1598	-
obs	-	1598	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3555	-2.869	-1.5685	1.3915	0.1164	1.8102	0.0189	0.1989	0.152	0.1544	0.0251	-0.0304	-0.0442	-0.0186	-0.044	0.0519	-0.0167	-0.0298	-0.0855	0.0272	0.0183	51.307	28.9626	80.9084
2	4.3555	0.9499	0.7439	1.654	0.2784	1.7058	0.0319	0.1425	-0.0296	0.0461	-0.0064	-0.0418	-0.0612	0.0167	-0.0255	-0.0519	0.0332	0.0253	-0.1067	0.0479	-0.0904	19.8568	41.4611	80.0656
3	8.9109	-1.9183	-1.8803	1.4288	0.5538	1.665	0.0224	-0.0589	0.0888	-0.0026	-0.0404	-0.0609	0.0912	0.0617	0.0179	-0.0143	-0.0121	0.0243	-0.0679	0.0369	-0.1146	46.432	14.6958	64.7375
4	2.2115	0.8775	0.5671	2.2215	-0.1601	1.4184	-0.0527	-0.0332	-0.0568	0.0341	0.0679	-0.0347	-0.0161	-0.04	-0.0153	-0.1056	0.0319	0.0089	-0.1364	0.0064	-0.136	78.3548	12.4756	52.1692
5	9.6704	-3.3664	1.5921	1.6811	-0.0144	1.0425	-0.0488	-0.5681	0.1205	0.0334	-0.0086	0.0694	-0.034	-0.1805	0.0574	0.0267	-0.0181	0.0046	-0.0381	-0.0118	-0.0939	48.9574	40.0558	54.1404
6	3.1473	1.4589	-0.8066	2.7774	-0.6819	1.5438	0.0978	-0.0064	0.0817	0	-0.0418	0.0104	0.0023	0.12	-0.056	-0.0888	0.0233	0.0077	-0.1512	-0.0325	-0.1605	18.1019	41.7259	41.7829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	N	A	2 - 117	2 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	B	1 - 129	1 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	O	C	2 - 118	2 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	M	D	1 - 129	1 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	P	E	2 - 114	2 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Q	F	1 - 129	1 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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