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万見
- PDB-2hye: Crystal Structure of the DDB1-Cul4A-Rbx1-SV5V Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hye
タイトルCrystal Structure of the DDB1-Cul4A-Rbx1-SV5V Complex
要素
  • Cullin-4A
  • DNA damage-binding protein 1
  • Nonstructural protein V
  • RING-box protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / beta propeller / RING finger / zinc finger / propeller cluster / helical repeats / cullin repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of granulocyte differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / regulation of DNA damage checkpoint / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / regulation of nucleotide-excision repair ...negative regulation of granulocyte differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / regulation of DNA damage checkpoint / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / regulation of nucleotide-excision repair / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / positive regulation of protein autoubiquitination / UV-damage excision repair / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / SCF ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / cullin family protein binding / viral release from host cell / somatic stem cell population maintenance / protein monoubiquitination / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ectopic germ cell programmed cell death / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / protein K48-linked ubiquitination / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / nucleotide-excision repair / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Degradation of GLI1 by the proteasome / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Dual incision in TC-NER / Regulation of RAS by GAPs / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of RUNX2 expression and activity / cellular response to UV / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirinae protein V, zinc-binding domain / Zinc-binding domain of Paramyxoviridae V protein / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site ...Paramyxovirinae protein V, zinc-binding domain / Zinc-binding domain of Paramyxoviridae V protein / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / DNA polymerase; domain 1 - #910 / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / DNA polymerase; domain 1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein V / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-4A / DNA damage-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Simian virus 5 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Angers, S. / Li, T. / Yi, X. / MacCoss, M.J. / Moon, R.T. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Molecular architecture and assembly of the DDB1-CUL4A ubiquitin ligase machinery.
著者: Angers, S. / Li, T. / Yi, X. / MacCoss, M.J. / Moon, R.T. / Zheng, N.
履歴
登録2006年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
B: Nonstructural protein V
C: Cullin-4A
D: RING-box protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,5149
ポリマ－251,1874
非ポリマー3275
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.452, 203.165, 424.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / Damage-specific DNA-binding protein 1 / UV-damaged DNA-binding factor / DDB p127 subunit / DDBa / ...Damage-specific DNA-binding protein 1 / UV-damaged DNA-binding factor / DDB p127 subunit / DDBa / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / Xeroderma pigmentosum group E- complementing protein / XPCe / XPE-binding factor / XPE-BF / X- associated protein 1 / XAP-1


分子量: 127117.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質 Nonstructural protein V


分子量: 23965.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 5 (ウイルス) / 属: Rubulavirus / 遺伝子: P/V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11207
#3: タンパク質 Cullin-4A / CUL-4A


分子量: 87814.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL4A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13619
#4: タンパク質 RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1 / RING finger protein 75 / ZYP protein


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62877
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM NaHEPES, 7-9% PEG4000, 10% iso-propanol, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 62466 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.985 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.214.40.40641590.54462
3.21-3.344.50.29653700.59880.1
3.34-3.494.80.22760760.74390.2
3.49-3.685.10.17763210.87994.5
3.68-3.915.30.14865221.25397
3.91-4.215.50.11566691.61298.5
4.21-4.635.60.0966942.38598.5
4.63-5.35.70.0867313.03498.9
5.3-6.676.10.08268313.14699.7
6.67-506.20.04770933.32599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3155 56809 RANDOM
Rwork0.2496 --
obs0.253 59833 -
all-66062 -
原子変位パラメータBiso mean: 75.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16938 0 5 0 16943

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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