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- PDB-2hwj: Crystal structure of protein Atu1540 from Agrobacterium tumefaciens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hwj
タイトルCrystal structure of protein Atu1540 from Agrobacterium tumefaciens
要素Hypothetical protein Atu1540
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Agrobacterium tumefaciens / Hypothetical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative ParB-like nuclease / Uncharacterised conserved protein UCP029669 / Putative ParB-like nuclease / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle ...Putative ParB-like nuclease / Uncharacterised conserved protein UCP029669 / Putative ParB-like nuclease / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of protein Atu1540 from Agrobacterium tumefaciens
著者: Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Atu1540
B: Hypothetical protein Atu1540
C: Hypothetical protein Atu1540
D: Hypothetical protein Atu1540
E: Hypothetical protein Atu1540
F: Hypothetical protein Atu1540


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,6056
ポリマ－142,6056
非ポリマー00
水1,71195
1
A: Hypothetical protein Atu1540
B: Hypothetical protein Atu1540
C: Hypothetical protein Atu1540
D: Hypothetical protein Atu1540


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0704
ポリマ－95,0704
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9410 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area35460 Å2
手法PISA
2
E: Hypothetical protein Atu1540
F: Hypothetical protein Atu1540

E: Hypothetical protein Atu1540
F: Hypothetical protein Atu1540


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0704
ポリマ－95,0704
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
3
E: Hypothetical protein Atu1540
F: Hypothetical protein Atu1540

E: Hypothetical protein Atu1540
F: Hypothetical protein Atu1540

A: Hypothetical protein Atu1540
B: Hypothetical protein Atu1540
C: Hypothetical protein Atu1540
D: Hypothetical protein Atu1540

A: Hypothetical protein Atu1540
B: Hypothetical protein Atu1540
C: Hypothetical protein Atu1540
D: Hypothetical protein Atu1540


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,21012
ポリマ－285,21012
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z+1/21
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area29040 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area103850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.079, 173.749, 142.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein Atu1540 / AGR_C_2837p


分子量: 23767.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / ATCC 33970 / プラスミド: pET derivatives / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 derivatives / 参照: UniProt: Q8UF59, UniProt: A9CIY5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.01M Magnesium chloride, 22% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 49927 / Num. obs: 49478 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4504 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 26.699 / SU ML: 0.262 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27261 2486 5.1 %RANDOM
Rwork0.1981 ---
all0.20183 46524 --
obs0.20183 46524 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2---3.16 Å20 Å2
3---4.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9260 0 0 95 9355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0219511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3291.9512833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.14351147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50822.259478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.706151652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8115108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.21357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.24546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3360.26437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3670.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2641.55860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97729170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.47434112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2184.53659
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 167 -
Rwork0.347 2960 -
obs--85.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28570.3013-0.30075.0043-1.47594.75690.10790.01460.2242-0.2912-0.0702-0.00230.1924-0.0931-0.0377-0.20290.1065-0.0453-0.12410.0519-0.07855.226339.1602-5.0935
25.7666-0.70091.54565.5618-1.60174.4041-0.0990.04050.21690.27710.0879-0.4528-0.41920.04350.0111-0.12650.06960.0031-0.1762-0.00530.152618.063957.42862.8564
32.83181.3940.53396.9901-1.87063.3574-0.0655-0.3750.53820.7972-0.105-0.3852-0.6225-0.14040.17060.06510.1082-0.0567-0.1419-0.2178-0.331215.009342.678628.8357
45.9415-1.1472-2.10974.31730.56926.3374-0.0218-0.15020.21850.19320.264-0.02520.1566-0.2541-0.2421-0.19110.03590.0095-0.0609-0.0507-0.40036.67522.796120.3087
51.34060.31140.47761.6077-0.71860.99560.08990.08610.1621-0.2212-0.1106-0.21730.12320.02740.0207-0.00220.08030.11-0.07910.0022-0.02828.551322.6547-9.0107
61.9217-0.2703-0.54512.29540.46281.44990.049-0.01180.13510.098-0.0395-0.25650.1214-0.1227-0.0095-0.04060.025-0.0273-0.0296-0.0336-0.061326.875512.420312.1144
73.90121.2149-1.0774.499-2.1896.19840.0945-0.26950.56030.7032-0.2657-0.8925-0.20180.50.1712-0.27880.0087-0.304-0.1524-0.04680.387342.791436.704220.4203
89.2469-1.78961.2025.952-1.55036.2156-0.12670.09520.50340.104-0.2994-0.7858-0.57570.37520.4262-0.2721-0.04260.0399-0.16590.11670.461640.463648.81940.5576
95.6162-0.52330.88417.43760.0144.2099-0.07840.00260.27070.2538-0.0619-0.4139-0.61880.38210.14030.0573-0.0875-0.075-0.1744-0.0273-0.09638.819386.051-14.484
105.8451-0.6466-0.01433.4443-1.96949.5799-0.058-0.0305-0.12970.17650.22360.17480.13580.0331-0.1657-0.16150.03540.0165-0.2390.0318-0.0297-2.751668.0645-23.6413
115.0529-0.37893.27029.2624-0.39936.4707-0.241-0.22510.2157-0.06720.32550.9094-0.8836-0.9322-0.0844-0.25270.17750.1753-0.00950.21240.1284-22.13990.1458-29.7127
1212.8058-1.2369-3.2658.3155-0.791311.3423-0.2204-0.12040.5738-0.35890.30251.1547-1.62-0.5206-0.08210.56090.11450.0245-0.30030.05220.2194-7.9626108.1675-25.6799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1334 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2AA134 - 204134 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3BB7 - 1337 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4BB134 - 204134 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5CC5 - 1335 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6CC134 - 204134 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7DD6 - 1336 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8DD134 - 204134 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9EE7 - 1337 - 133
10X-RAY DIFFRACTION10EE134 - 204134 - 204
11X-RAY DIFFRACTION11FF6 - 1336 - 133
12X-RAY DIFFRACTION12FF134 - 204134 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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