PDB-2hw9: Crystal structure of Lys12Cys/Cys117Val mutant of human acidic fi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hw9

タイトル

Crystal structure of Lys12Cys/Cys117Val mutant of human acidic fibroblast Growth factor at 1.60 angstrom resolution.

要素

Heparin-binding growth factor 1

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / beta-trefoil / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / FGFR2b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / organ induction / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / S100 protein binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of intracellular signal transduction / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of sprouting angiogenesis / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / Hsp70 protein binding / activation of protein kinase B activity / regulation of cell migration / positive regulation of endothelial cell migration / extracellular matrix / epithelial cell proliferation / animal organ morphogenesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / lung development / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / integrin binding / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cell cortex / cellular response to heat / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Dubey, V.K. / Lee, J. / Somasundaram, T. / Blaber, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Spackling the crack: stabilizing human fibroblast growth factor-1 by targeting the N and C terminus beta-strand interactions.
著者: Dubey, V.K. / Lee, J. / Somasundaram, T. / Blaber, S. / Blaber, M.

履歴

登録	2006年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年1月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hw9.cif.gz	73.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hw9.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hw9_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hw9_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	2hw9_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	2hw9_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/2hw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/2hw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hwaC 2hwmC 2hz9C 2ntdC 1jqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fj8-1 3crh-1 3fjd-2 3fgm-1 3cri-1 3ba4-1 2hwa-1 2ntd-4 1nzk-4 3fji-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (10) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (5) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (10) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heparin-binding growth factor 1

B: Heparin-binding growth factor 1

ヘテロ分子

33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heparin-binding growth factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heparin-binding growth factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.610, 96.150, 107.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF-beta 分子量: 16656.699 Da / 分子数: 2 / 変異: K12C,C117V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF1, FGFA / プラスミド: PET21a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05230
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→43.91 Å / Num. all: 51442 / Num. obs: 45745 / % possible obs: 88.92 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 39.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1JQZ

1jqz

解像度: 1.6→43.91 Å / Isotropic thermal model: CNS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.221	2278	RANDOM
R_work	0.202	-	-
all	-	51442	-
obs	-	45745	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2268	0	10	252	2530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.05

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / R_factor R_free error: 0.016 /

	R_factor	反射数
R_free	0.24	228
R_work	0.218	-
obs	-	4862

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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