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- PDB-2htt: Ruthenium Hexammine ion interactions with Z-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2htt
タイトルRuthenium Hexammine ion interactions with Z-DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
キーワードDNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性RUTHENIUM (III) HEXAAMINE ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bharanidharan, D. / Thiyagarajan, S. / Gautham, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Hexammineruthenium(III) ion interactions with Z-DNA
著者: Bharanidharan, D. / Thiyagarajan, S. / Gautham, N.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')
D: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0005
ポリマ－4,7964
非ポリマー2031
水21612
1
A: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6192
ポリマ－3,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area2490 Å2
手法PISA
2
D: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
ヘテロ分子

D: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
ヘテロ分子

D: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1409
ポリマ－3,5316
非ポリマー6103
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
3
D: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3803
ポリマ－1,1772
非ポリマー2031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area1170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.895, 35.895, 44.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DA)-3')


分子量: 1794.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DG)-3')


分子量: 588.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-NRU / RUTHENIUM (III) HEXAAMINE ION / HEXAAMINORUTHENIUM


分子量: 203.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18N6Ru
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72946 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: MPD, sodium cacodylate, ruthenium hexammine chloride, spermine, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3ruthenium hexammine chloride11
4spermine11
5H2O11
6MPD12
7sodium cacodylate12
8ruthenium hexammine chloride12
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月25日
放射モノクロメーター: NIL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.16 Å / Num. all: 1207 / Num. obs: 1207 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.0873 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 181 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
AUTOMARデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY ZD0014

解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 19.976 / SU ML: 0.425 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.609 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36371 87 8.8 %RANDOM
Rwork0.2579 ---
all0.295 989 --
obs0.26665 902 96.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.391 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 324 7 12 343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1413563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3070.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0753539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8854.5560
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.01 4 -
Rwork0.358 59 -
obs--98.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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