PDB-2htn: E. coli bacterioferritin in its as-isolated form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2htn

タイトル

E. coli bacterioferritin in its as-isolated form

要素

Bacterioferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / OXIDOREDUCTASE / four-helix bundle / ferroxidase centre / haem / protein shell / iron binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

van Eerde, A. / Wolterink-Van Loo, S. / Van Der Oost, J. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Fortuitous structure determination of 'as-isolated' Escherichia coli bacterioferritin in a novel crystal form.
著者: van Eerde, A. / Wolterink-van Loo, S. / van der Oost, J. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2006年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Derived calculations
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

HETEROGEN Authors state that the oxidation state of Fe could be an Fe(II) or FE(III) ion. Authors ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2htn.cif.gz	273.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2htn.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2htn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2htn_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2htn_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	2htn_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	2htn_validation.cif.gz	63.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2htn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2htn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bcfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6p8l-1 4tod-d 3isf-1 2vxi-1 3ise-d 2y3q-1 4u3g-1 6p8k-1 5d8r-1 1nf4-2 3ghq-1 5d8o-1 4toh-1 3e1q-1 5d8p-1 1nf4-3 1bcf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

ヘテロ分子

152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
455 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.893, 167.893, 167.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	ASN	ASN	A	A	1 - 17	1 - 17
2	1	1	MET	MET	ASN	ASN	B	B	1 - 17	1 - 17
3	1	1	MET	MET	ASN	ASN	C	C	1 - 17	1 - 17
4	1	1	MET	MET	ASN	ASN	D	D	1 - 17	1 - 17
5	1	1	MET	MET	ASN	ASN	E	E	1 - 17	1 - 17
6	1	1	MET	MET	ASN	ASN	F	F	1 - 17	1 - 17
7	1	1	MET	MET	ASN	ASN	G	G	1 - 17	1 - 17
8	1	1	MET	MET	ASN	ASN	H	H	1 - 17	1 - 17
9	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	19 - 50	19 - 50
10	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	19 - 50	19 - 50
11	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	19 - 50	19 - 50
12	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	D	D	19 - 50	19 - 50
13	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	19 - 50	19 - 50
14	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	F	F	19 - 50	19 - 50
15	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	G	G	19 - 50	19 - 50
16	2	1	LEU	LEU	ASP	ASP	H	H	19 - 50	19 - 50
17	3	1	MET	MET	LYS	LYS	A	A	52 - 53	52 - 53
18	3	1	MET	MET	LYS	LYS	B	B	52 - 53	52 - 53
19	3	1	MET	MET	LYS	LYS	C	C	52 - 53	52 - 53
20	3	1	MET	MET	LYS	LYS	D	D	52 - 53	52 - 53
21	3	1	MET	MET	LYS	LYS	E	E	52 - 53	52 - 53
22	3	1	MET	MET	LYS	LYS	F	F	52 - 53	52 - 53
23	3	1	MET	MET	LYS	LYS	G	G	52 - 53	52 - 53
24	3	1	MET	MET	LYS	LYS	H	H	52 - 53	52 - 53
25	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	55 - 93	55 - 93
26	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	55 - 93	55 - 93
27	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	55 - 93	55 - 93
28	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	55 - 93	55 - 93
29	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	55 - 93	55 - 93
30	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	F	F	55 - 93	55 - 93
31	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	G	G	55 - 93	55 - 93
32	4	1	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	55 - 93	55 - 93
33	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	95 - 126	95 - 126
34	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	95 - 126	95 - 126
35	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	C	C	95 - 126	95 - 126
36	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	D	D	95 - 126	95 - 126
37	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	E	E	95 - 126	95 - 126
38	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	F	F	95 - 126	95 - 126
39	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	G	G	95 - 126	95 - 126
40	5	1	LEU	LEU	ASP	ASP	H	H	95 - 126	95 - 126
41	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	128 - 129	128 - 129
42	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	128 - 129	128 - 129
43	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	C	C	128 - 129	128 - 129
44	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	D	D	128 - 129	128 - 129
45	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	E	E	128 - 129	128 - 129
46	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	F	F	128 - 129	128 - 129
47	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	G	G	128 - 129	128 - 129
48	6	1	GLU	GLU	GLY	GLY	H	H	128 - 129	128 - 129
1	1	2	MET	MET	HEM	HEM	A	A - K	1 - 200	1
2	1	2	MET	MET	HEM	HEM	C	C - P	1 - 200	1
3	1	2	MET	MET	HEM	HEM	E	E - U	1 - 200	1
4	1	2	MET	MET	HEM	HEM	G	G - Z	1 - 200	1

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a 24-mer generated from the octamer in the asymmetric unit by the operations: y+1/2,-z+1/2,-x and -z,x+1/2,-y+1/2.

#1: タンパク質	Bacterioferritin / BFR / Cytochrome b-1 / Cytochrome b-557 分子量: 18518.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: UniProt: P0ABD3, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% (v/v) PEG400, 0.2M MGCl2, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月11日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→74.54 Å / Num. all: 69975 / Num. obs: 69835 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BCF

1bcf

解像度: 2.5→59.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 6.806 / SU ML: 0.155 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.045 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2) FINAL REFINEMENT WAS DONE USING DETWINNED DATA 3) the crystallographic data used for solving this structure was perfectly twinned.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18803	5633	10.3 %	IN THIN SHELLS
R_work	0.17059	-	-	-
all	0.17243	54648	-	-
obs	0.17243	54540	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10392	0	188	98	10678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	10944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	7320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.162	2.072	14832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.027	3	17800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.024	5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	46.235	25.27	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.021	15	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.549	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	7739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.5	5546
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.5	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.4	457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.01	0.4	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.133	10	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.38	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.432	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.325	0.4	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.734	1.5	8409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.59	1.5	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.946	2	9960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.931	3	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.009	4.5	4856

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1711	tight positional	0	0
1	2	B	1711	tight positional	0	0
1	3	C	1711	tight positional	0	0
1	4	D	1711	tight positional	0	0
1	5	E	1711	tight positional	0	0
1	6	F	1711	tight positional	0	0
1	7	G	1711	tight positional	0	0
1	8	H	1711	tight positional	0	0
2	1	A	2196	tight positional	0	0
2	2	C	2196	tight positional	0	0
2	3	E	2196	tight positional	0	0
2	2	F	2196	tight positional	0	0
1	1	A	1711	tight thermal	0.38	0.1
1	2	B	1711	tight thermal	0.59	0.1
1	3	C	1711	tight thermal	0.41	0.1
1	4	D	1711	tight thermal	0.58	0.1
1	5	E	1711	tight thermal	0.37	0.1
1	6	F	1711	tight thermal	0.4	0.1
1	7	G	1711	tight thermal	0.58	0.1
1	8	H	1711	tight thermal	0.57	0.1
2	1	A	2196	tight thermal	0.4	0.1
2	2	C	2196	tight thermal	0.41	0.1
2	3	E	2196	tight thermal	0.42	0.1
2	2	F	2196	tight thermal	0.47	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.572 Å / Total num. of bins used: 18 /

	R_factor	反射数
R_free	0.179	-
R_work	0.199	4013

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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