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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hsj | ||||||
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タイトル | The structure of a putative platelet activating factor from Streptococcus pneumonia. | ||||||
要素 | Putative platelet activating factor | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / platelet activating factor / Streptococcus pneumonia / structral genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of a putative platelet activating factor from Streptococcus pneumonia. 著者: Cuff, M.E. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN, BUT AUTHORS SUGGEST THE DIMERS FORMED BY CHAINS A+D AND B+C MAY BE RELEVANT. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hsj.cif.gz | 213.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hsj.ent.gz | 177.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hsj_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hsj_full_validation.pdf.gz | 465.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hsj_validation.xml.gz | 45.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hsj_validation.cif.gz | 70.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/2hsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/2hsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24504.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP1450 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97PY9, UniProt: A0A0H2UQU7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, 25% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926, 0.97943 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月19日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.5→40.46 Å / Num. all: 128174 / Num. obs: 128174 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→40.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.47 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.539 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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