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- PDB-2hrh: Crystal Structure of Blue Laccase from Trametes trogii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hrh
タイトルCrystal Structure of Blue Laccase from Trametes trogii
要素Laccase
キーワードOXIDOREDUCTASE / laccase / lignin degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Funalia trogii (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Matera, I. / Gullotto, A. / Ferraroni, M. / Tilli, S. / Briganti, F. / Scozzafava, A.
引用ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the blue multicopper oxidase from the white-rot fungus Trametes trogii complexed with p-toluate
著者: Matera, I. / Gullotto, A. / Tilli, S. / Ferraroni, M. / Scozzafava, A. / Briganti, F.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2477
ポリマ－53,1441
非ポリマー1,1036
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.932, 84.327, 108.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Laccase / BLUE LACCASE


分子量: 53143.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Funalia trogii (菌類) / 株: 201 (DSM11919) / 参照: UniProt: Q9HDQ0, laccase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, calcium acetato, PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCED ULTRA / 波長: 1.5418
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月13日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.69 Å / Num. all: 22722 / Num. obs: 21268 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3352 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Blue Laccase from Panus tigrinus (not yet deposited)

解像度: 2.6→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 7.96 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23337 1141 5.1 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
all0.216 22722 --
obs0.17798 20201 90.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.973 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3755 0 60 255 4070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9051.9555392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6955495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.05224.444171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55615521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1291515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.22640
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2830.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6991.52524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23624020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83731570
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8074.51372
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 77 -
Rwork0.208 1611 -
obs--94.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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