PDB-2hr3: Crystal structure of putative transcriptional regulator protein f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hr3

タイトル

Crystal structure of putative transcriptional regulator protein from Pseudomonas aeruginosa PA01 at 2.4 A resolution

要素

Probable transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / MCSG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kirillova, O. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative transcriptional regulator protein from Pseudomonas aeruginosa PA01 at 2.4 A resolution
著者: Kirillova, O. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.

履歴

登録	2006年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hr3.cif.gz	114.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hr3.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a3k-1 2pc6-2 3l1z-d 4mdk-2 4ejv-d 4jba-d 4cx9-d 4yif-3 3p3q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5815MCSG PSI target

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable transcriptional regulator

B: Probable transcriptional regulator

C: Probable transcriptional regulator

D: Probable transcriptional regulator

66.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable transcriptional regulator

B: Probable transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Probable transcriptional regulator

D: Probable transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.251, 72.281, 70.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
1	2	C
2	2	D
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	A	A	2 - 84	2 - 84
2	1	1	THR	THR	HIS	HIS	B	B	3 - 83	3 - 83
3	2	1	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	91 - 146	91 - 146
4	2	1	THR	THR	GLU	GLU	B	B	92 - 145	92 - 145
1	1	2	THR	THR	ASP	ASP	C	C	3 - 85	3 - 85
2	1	2	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	2 - 86	2 - 86
3	2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	91 - 145	91 - 145
4	2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	91 - 145	91 - 145

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a dimer

#1: タンパク質	Probable transcriptional regulator / Putative transcriptional regulator 分子量: 16540.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3067 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZE1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 296.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M di-Ammonium hydrogen citrate, 20% PEG 3350, 500mM Sodium chloride, 10mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.2K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97954, 0.97970

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月16日

放射

モノクロメーター: Si III CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97954	1
2	0.9797	1

反射

解像度: 2.4→68.68 Å / Num. all: 23086 / Num. obs: 22942 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 31.3

反射シェル

解像度: 2.4→2.42 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 21.597 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.457 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28021	1179	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20813	-	-	-
all	0.21191	23086	-	-
obs	0.21191	21763	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	-0.57 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4084	0	0	58	4142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.849	1.977	5589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	9124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.587	5	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.597	21.552	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.199	15	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.234	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.275	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.167	1.5	2824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.228	1.5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.679	2	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.402	3	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.793	4.5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1891	loose positional	0.71	5
2	C	1967	loose positional	0.72	5
1	A	1891	loose thermal	3.39	10
2	C	1967	loose thermal	2.94	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	79	-
R_work	0.245	1544	-
obs	-	-	97.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8541	-4.3107	-0.546	3.2264	0.0435	2.5143	0.3577	0.2061	-0.1003	-0.1086	-0.1404	-0.2748	-0.0017	0.1421	-0.2174	-0.1762	-0.0325	0.0137	-0.325	-0.0063	0.1174	31.842	-0.755	30.7
2	1.722	-0.9047	-1.2332	0.9159	0.4018	3.7123	-0.0726	0.2113	0.2016	0.2018	-0.2727	-0.0417	-0.0678	0.6903	0.3453	-0.2416	-0.0016	0.0089	0.0252	0.1221	0.2213	27.99	3.138	22.923
3	1.7615	-0.4275	1.066	1.7822	1.4214	2.5537	-0.2181	-0.4368	0.016	0.0678	-0.1866	0.3073	0.0095	-0.7974	0.4047	-0.1967	0.0067	-0.0188	0.1152	-0.0604	0.1372	48.725	7.385	69.047
4	4.3549	1.6924	1.4453	2.7133	-0.9963	2.469	0.2617	-0.7453	-0.1502	0.1281	0.0507	0.3863	0.1048	-0.316	-0.3124	-0.2194	-0.0131	0.0508	-0.0364	0.0201	0.0609	45.767	0.026	62.247
5	5.0789	-3.1268	-1.2642	2.5931	1.7138	1.6244	-0.0227	-0.4179	0.301	0.2785	0.3147	-0.4588	0.1382	0.2479	-0.292	-0.0991	0.0279	-0.0001	-0.2388	0.0057	0.1053	26.013	4.855	41.103
6	3.3007	-1.0386	-1.6714	0.3347	0.3268	5.8399	0.1539	0.6269	-0.0855	0.0985	-0.2714	-0.0159	-0.149	-0.2652	0.1174	-0.111	0.0246	0.0388	-0.124	0.0343	0.0364	14.601	3.421	25.904
7	3.0135	-0.073	-0.2766	0.9607	0.0896	5.7924	-0.0169	-0.4708	0.0685	0.0212	-0.1046	-0.0472	-0.0429	0.2792	0.1215	-0.2421	-0.0349	0.0163	-0.1521	-0.0024	-0.0342	61.562	4.794	65.796
8	8.0341	1.2512	0.8196	2.1574	-1.245	2.2295	0.0311	0.6452	0.361	-0.0428	0.0623	0.4339	0.049	-0.1185	-0.0934	-0.2602	0.0067	0.0103	-0.1323	-0.0123	-0.0241	49.705	6.28	51.369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 84	2 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 83	3 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 85	3 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 86	2 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	91 - 146	91 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	92 - 145	92 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	91 - 145	91 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	91 - 145	91 - 145

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新型コロナ情報

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