ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→42.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2564103.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.28 | 1571 | 9.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.237 | - | - | - |
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all | 0.241 | 15976 | - | - |
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obs | 0.237 | 15976 | 94.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.0148 Å2 / ksol: 0.355405 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 10.87 Å2 | 16.3 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 10.87 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -21.73 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.46 Å | 0.36 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.67 Å | 0.6 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.24 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2217 | 0 | 0 | 12 | 2229 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.014 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.88 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it3.66 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it5.77 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it8.23 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it11.14 | 6 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.415 | 143 | 9.3 % |
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Rwork | 0.372 | 1397 | - |
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obs | - | 1540 | 95.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.top | | | |
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