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- PDB-2hp0: Crystal structure of iminodisuccinate epimerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hp0
タイトルCrystal structure of iminodisuccinate epimerase
要素(IDS-epimerase) x 2
キーワードISOMERASE / MmgE/PrpD fold / 6 helix bundle / chorismate mutase like
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylcitrate dehydratase PrpD / 2-methylcitrate dehydratase PrpD / 2-methylcitrate dehydratase PrpD / MmgE/PrpD / MmgE/PrpD superfamily / MmgE/PrpD superfamily, domain 1 / MmgE/PrpD superfamily, domain 2 / MmgE/PrpD, N-terminal / MmgE/PrpD, C-terminal / MmgE/PrpD N-terminal domain ...2-methylcitrate dehydratase PrpD / 2-methylcitrate dehydratase PrpD / 2-methylcitrate dehydratase PrpD / MmgE/PrpD / MmgE/PrpD superfamily / MmgE/PrpD superfamily, domain 1 / MmgE/PrpD superfamily, domain 2 / MmgE/PrpD, N-terminal / MmgE/PrpD, C-terminal / MmgE/PrpD N-terminal domain / MmgE/PrpD C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / IDS-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lohkamp, B. / Bauerle, B. / Rieger, P.G. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Three-dimensional Structure of Iminodisuccinate Epimerase Defines the Fold of the MmgE/PrpD Protein Family.
著者: Lohkamp, B. / Bauerle, B. / Rieger, P.G. / Schneider, G.
履歴
登録2006年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月19日Group: Derived calculations
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Residue MSE at position -19 is an initiating Metionine and a modified residue

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IDS-epimerase
B: IDS-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,87424
ポリマ－101,1932
非ポリマー68122
水17,078948
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.602, 104.973, 78.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is a homodimer as found in the ASU

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 IDS-epimerase


分子量: 50588.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: BY6 / 遺伝子: ite / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysSRARE2 / 参照: UniProt: Q1L4E3
#2: タンパク質 IDS-epimerase


分子量: 50604.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: BY6 / 遺伝子: ite / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysSRARE2 / 参照: UniProt: Q1L4E3

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非ポリマー , 4種, 970分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 948 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium sulphate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9253
シンクロトロンESRF ID14-420.9793, 0.9796, 0.9393
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年6月5日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年6月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92531
20.97931
30.97961
40.93931
反射解像度: 1.5→62.02 Å / Num. all: 140534 / Num. obs: 140120 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→62.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.309 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17386 7085 5.1 %RANDOM
Rwork0.15119 ---
all0.15234 140534 --
obs0.15234 140120 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→62.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6709 0 54 948 7711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.9479766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.927315140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0765990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.17124.079277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.902151129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7721529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.26344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.23647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.23760
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0770.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1341.55464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1941.51897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3227380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25732872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1714.52338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.6213374
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.8563357
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 540 -
Rwork0.256 9788 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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