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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hop | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an E. coli thi-box riboswitch bound to pyrithiamine | ||||||
要素 | thi-box riboswitch | ||||||
キーワード | RNA / riboswitch | ||||||
機能・相同性 | Chem-218 / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Crystal Structures of the Thi-Box Riboswitch Bound to Thiamine Pyrophosphate Analogs Reveal Adaptive RNA-Small Molecule Recognition 著者: Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hop.cif.gz | 50 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hop.ent.gz | 36.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2hop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/2hop | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 26798.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: in vitro T7 RNA polymerase with 5'cis-hammerhead ribozyme and 5'-trans VS ribozyme | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-218 / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: grown: 30% PEG 2000, 0.2 M NH4Cl, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, 15 mM CaCl2; 0.5 mM PT, 0.5 mM spermine, 100 mM KCl, 3 mM MgCl2; cryo: above with 20% sucrose; 680 x 80 x 80 um xtal., VAPOR ...詳細: grown: 30% PEG 2000, 0.2 M NH4Cl, 50 mM Bis-Tris pH 6.5, 15 mM CaCl2; 0.5 mM PT, 0.5 mM spermine, 100 mM KCl, 3 mM MgCl2; cryo: above with 20% sucrose; 680 x 80 x 80 um xtal., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→15 Å / Num. all: 3231 / Num. obs: 2978 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 303 / % possible all: 92.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
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拘束条件 |
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