PDB-2hlj: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIOESTERASE (KT2440) FROM PSEUDO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hlj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE THIOESTERASE (KT2440) FROM PSEUDOMONAS PUTIDA KT2440 AT 2.00 A RESOLUTION

要素

Hypothetical protein

キーワード

HYDROLASE / PUTATIVE THIOESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (NP_742468.1) from Pseudomonas putida KT2440 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hlj.cif.gz	50.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hlj.ent.gz	34.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hlj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/2hlj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/2hlj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3iop-d 3eha-d 2gjt-1 3igg-d 3lxp-d 1jkl-d 3eh9-d 6v6a-2 2vto-d 4l6u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 366984

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

A: Hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.809, 73.613, 39.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 17917.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: KT2440 / 遺伝子: NP_742468.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88R33
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.9 詳細: 0.2M K2NO3, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97934, 0.97915, 0.91837

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97934	1
2	0.97915	1
3	0.91837	1

反射

解像度: 2→29.323 Å / Num. obs: 11181 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.05	3.6	0.287	2.6	2855	785	0.287	100
2.05-2.11	3.6	0.276	2.7	2892	795	0.276	100
2.11-2.17	3.6	0.229	3.3	2827	777	0.229	100
2.17-2.24	3.7	0.224	3.3	2753	752	0.224	100
2.24-2.31	3.6	0.19	3.6	2632	728	0.19	100
2.31-2.39	3.6	0.16	4.6	2504	688	0.16	100
2.39-2.48	3.6	0.154	4.6	2520	696	0.154	100
2.48-2.58	3.6	0.145	5.1	2333	641	0.145	100
2.58-2.7	3.6	0.13	5.6	2332	643	0.13	100
2.7-2.83	3.6	0.095	7.4	2185	607	0.095	100
2.83-2.98	3.6	0.086	8.3	2034	565	0.086	100
2.98-3.16	3.6	0.071	9.3	1981	550	0.071	100
3.16-3.38	3.5	0.068	9.3	1847	521	0.068	100
3.38-3.65	3.6	0.062	9.2	1747	491	0.062	100
3.65-4	3.5	0.058	10.2	1597	450	0.058	100
4-4.47	3.5	0.049	11.5	1429	410	0.049	100
4.47-5.16	3.5	0.048	12.4	1257	363	0.048	100
5.16-6.32	3.4	0.06	11	1065	317	0.06	100
6.32-8.94	3.2	0.055	9.9	820	256	0.055	99.6
8.94-29.33	3	0.044	13.1	433	146	0.044	94.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→29.323 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.727 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.169
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	531	4.8 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.17	11154	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.701 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.323 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1224	0	6	170	1400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.943	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.354	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.235	23.651	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.036	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.386	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.287	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.219	3	837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.524	3	320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.021	5	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.22	8	550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.709	11	490

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	38	-
R_work	0.178	745	-
obs	-	783	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 46.597 Å / Origin y: 7.897 Å / Origin z: 7.062 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0614 Å²	0.0123 Å²	0.0008 Å²	-	-0.0376 Å²	-0.001 Å²	-	-	-0.029 Å²
L	1.0167 °²	-0.2942 °²	0.1113 °²	-	1.6542 °²	0.0984 °²	-	-	0.649 °²
S	-0.058 Å °	-0.08 Å °	0.0868 Å °	0.1033 Å °	0.0462 Å °	0.0254 Å °	0.0015 Å °	0.014 Å °	0.0119 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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