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- PDB-2hli: Solution structure of Crotonaldehyde-Derived N2-[3-Oxo-1(S)-methy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hli
タイトルSolution structure of Crotonaldehyde-Derived N2-[3-Oxo-1(S)-methyl-propyl]-dG DNA Adduct in the 5'-CpG-3' Sequence
要素
  • DNA dodecamer
  • DNA dodecamer with S-crotonaldehyde adduct
キーワードDNA / Interstrand DNA cross-link / S-crotonaldehyde-dG adduct / 5'-CpG-3' sequence
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation, torsion angle
Model type detailsminimized average
データ登録者Cho, Y.-J. / Wang, H. / Kozekov, I.D. / Kurtz, A.J. / Jacob, J. / Voehler, M. / Smith, J. / Harris, T.M. / Rizzo, C.J. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2006
タイトル: Orientation of the Crotonaldehyde-Derived N(2)-[3-Oxo-1(S)-methyl-propyl]-dG DNA Adduct Hinders Interstrand Cross-Link Formation in the 5'-CpG-3' Sequence
著者: Cho, Y.-J. / Wang, H. / Kozekov, I.D. / Kozekova, A. / Kurtz, A.J. / Jacob, J. / Voehler, M. / Smith, J. / Harris, T.M. / Rizzo, C.J. / Lloyd, R.S. / Stone, M.P.
履歴
登録2006年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dodecamer with S-crotonaldehyde adduct
B: DNA dodecamer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3972
ポリマ－7,3972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #10minimized average structure

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要素

#1: DNA鎖 DNA dodecamer with S-crotonaldehyde adduct


分子量: 3733.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: All adducted sequences were made by Dr. Rizzo and Dr. Harris lab at Vanderbilt
#2: DNA鎖 DNA dodecamer


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
222DQF-COSY
333E-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 1 mM in 0.25 mL; 10 mM Sodium phosphate buffer; 0.1 M NaCl; 50 uMNa2EDTA
溶媒系: 99.996% D2O
試料状態イオン強度: 0.1 M NaCl / pH: 9.3 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe2.3Delaglio F et al.解析
Felix2000Accelrys, Inc.データ解析
MARDIGRAS5.2.1Keepers, JW et al.iterative matrix relaxation
Amber8Case et al精密化
CORMA5.2Keepers JW et al.データ解析
精密化手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation, torsion angle
ソフトェア番号: 1
詳細: 308 distance restraints, 90 sugar pucker restraints, 52 H-bonding restraints
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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