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- PDB-2hla: SPECIFICITY POCKETS FOR THE SIDE CHAINS OF PEPTIDE ANTIGENS IN HL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hla
タイトルSPECIFICITY POCKETS FOR THE SIDE CHAINS OF PEPTIDE ANTIGENS IN HLA-AW68
要素
  • BETA 2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-Aw68)
キーワードHISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Garrett, T.P.J. / Saper, M.A. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Specificity pockets for the side chains of peptide antigens in HLA-Aw68.
著者: Garrett, T.P. / Saper, M.A. / Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of the Human Class I Histocompatibility Antigen, Hla-A2
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Foreign Antigen Binding Site and T Cell Recognition Regions of Class I Histocompatibility Antigens
著者: Bjorkman, P.J. / Saper, M.A. / Samraoui, B. / Bennett, W.S. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies on the Histocompatibility Antigens Hla-A2 and Hla-A28 from Human Cell Membranes
著者: Bjorkman, P.J. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: To be Published
著者: Garrett, T.P.J. / Saper, M.A. / Wiley, D.C.
履歴
登録1989年10月5日処理サイト: BNL
改定 1.01990年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET SHEET 2 HAS A BETA BULGE AT RESIDUE SER A 207 AND SHEET 4 HAS A BETA BULGE AT RESIDUE GLY B ...SHEET SHEET 2 HAS A BETA BULGE AT RESIDUE SER A 207 AND SHEET 4 HAS A BETA BULGE AT RESIDUE GLY B 29. ADDITIONALLY, IN EACH OF SHEETS 2 AND 4, STRAND 4 CONTAINS AN EXTRA RESIDUE WHICH DISRUPTS THE HYDROGEN BONDING PATTERN. THIS IS REPRESENTED BY PRESENTING THE SHEETS TWICE (DESIGNATED SHEETS S2A, S2B AND S4A, S4B RESPECTIVELY) WHERE THE TWO REPRESENTATIONS DIFFER IN THEIR FIRST AND LAST STRANDS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-Aw68)
B: BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8992
ポリマ－42,8992
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.000, 80.660, 113.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: FOR RESIDUES GLY A 1, LYS A 268, PRO A 269 AND LEU A 270 THERE IS NO INTERPRETABLE DENSITY FOR ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.01.
2: RESIDUES PRO A 210 AND PRO B 32 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-Aw68)


分子量: 31151.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01891, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 BETA 2-MICROGLOBULIN


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE ASN A 86 IS THE CARBOHYDRATE ATTACHMENT SITE. NO CARBOHYDRATE COORDINATES HAVE BEEN ...RESIDUE ASN A 86 IS THE CARBOHYDRATE ATTACHMENT SITE. NO CARBOHYDRATE COORDINATES HAVE BEEN INCLUDED IN THIS ENTRY. SECONDARY STRUCTURE SPECIFICATIONS WERE MADE BY USE OF THE PROCEDURE OF W. KABSCH AND C. SANDER (PROGRAM *DSSP*). THE HYDROGEN BONDING SCHEME WAS USED TO RESOLVE ANY AMBIGUOUS ASSIGNMENTS. TURNS HAVE BEEN IDENTIFIED USING THE FOLLOWING CRITERIA. 1. O(I) - N(I+3) HYDROGEN BOND LENGTH IS LESS THAN OR EQUAL TO 3.2 ANGSTROMS. 2. CA(I) - CA (I+3) DISTANCE IS LESS THAN OR EQUAL TO 5.9 ANGSTROMS. THE FRAGMENT CRYSTALLIZED WAS THE EXTRACELLULAR PORTION OF THE PROTEIN CLEAVED FROM THE CELL MEMBRANE WITH PAPAIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.39 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 186.205-210 1985 / PH range low: 6.5 / PH range high: 6.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
225 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid1dropcan be replaced with 100mM imidazole
315 %(w/v)PEG60001reservoir

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rwork: 0.173
詳細: FOR RESIDUES GLY A 1, LYS A 268, PRO A 269 AND LEU A 270 THERE IS NO INTERPRETABLE DENSITY FOR ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.01.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3023 0 0 10 3033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(I): 1 / Rfactor obs: 0.173
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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