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万見
- PDB-2hl8: SUMO protease Ulp1 with the catalytic cysteine oxidized to a sulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hl8
タイトルSUMO protease Ulp1 with the catalytic cysteine oxidized to a sulfinic acid
要素Ubiquitin-like-specific protease 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


Ulp1 peptidase / SUMO is proteolytically processed / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cysteine-type peptidase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / 核膜 / protein-containing complex binding / 核小体 ...Ulp1 peptidase / SUMO is proteolytically processed / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cysteine-type peptidase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / 核膜 / protein-containing complex binding / 核小体 / タンパク質分解 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 - #20 / Ubiquitin-related / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / TATA結合タンパク質 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 - #20 / Ubiquitin-related / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / TATA結合タンパク質 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like-specific protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xu, Z. / Ng, T.B. / Au, S.W.N.
引用
ジャーナル: Faseb J. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of the redox regulation of SUMO proteases: a protective mechanism of intermolecular disulfide linkage against irreversible sulfhydryl oxidation
著者: Xu, Z. / Lam, L.S.M. / Lam, L.H. / Chau, S.F. / Ng, T.B. / Au, S.W.N.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Ulp1-SUMO crystal structure and genetic analysis reveal conserved interactions and a regulatory element essential for cell growth in yeast
著者: Mossessova, E. / Lima, C.D.
履歴
登録2006年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Other
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like-specific protease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6821
ポリマ－25,6821
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.936, 40.189, 55.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like-specific protease 1 / Ulp1 protease


分子量: 25682.299 Da / 分子数: 1 / 断片: c-terminal catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q02724, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20%(w/v) PEG 3350, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: VariMax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.63 Å / Num. obs: 14290 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.35 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.3 / Scaling rejects: 794
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.28 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. measured all: 10146 / Num. unique all: 1393 / Χ2: 1.01 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EUV

1euv


解像度: 2→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.897 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.179
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 711 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.194 ---
obs-14277 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20 Å2-0.02 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1772 0 0 116 1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 52 -
Rwork0.245 976 -
obs-1028 95.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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