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- PDB-2hk8: Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hk8
タイトルCrystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus at 2.35 angstrom resolution
要素Shikimate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / shikimate pathway / shikimate dehydrogenase / drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Gan, J.H. / Prabakaran, P. / Gu, Y.J. / Andrykovitch, M. / Li, Y. / Liu, H.H. / Yan, H. / Ji, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and biochemical analyses of shikimate dehydrogenase AroE from Aquifex aeolicus: implications for the catalytic mechanism.
著者: Gan, J. / Wu, Y. / Prabakaran, P. / Gu, Y. / Li, Y. / Andrykovitch, M. / Liu, H. / Gong, Y. / Yan, H. / Ji, X.
履歴
登録2006年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE Based on the electron density, especially the annealed omit maps, the authors believe ...SEQUENCE Based on the electron density, especially the annealed omit maps, the authors believe residue 195 in their structure is Glu and not Lys, residue 233 in their structure is Leu and not Phe, as it is in the UNP database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate dehydrogenase
B: Shikimate dehydrogenase
C: Shikimate dehydrogenase
D: Shikimate dehydrogenase
E: Shikimate dehydrogenase
F: Shikimate dehydrogenase
G: Shikimate dehydrogenase
H: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,9058
ポリマ－240,9058
非ポリマー00
水11,277626
1
A: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1131
ポリマ－30,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.361, 73.960, 192.107
Angle α, β, γ (deg.)94.64, 94.16, 91.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Shikimate dehydrogenase


分子量: 30113.145 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aroE / プラスミド: PET-17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67049, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG20K, 0.1M MES (pH 6.4-6.6), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.05517 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月9日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05517 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 74160 / Num. obs: 74160 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 44.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HK7

2hk7


解像度: 2.35→28.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 37614.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3638 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 71656 84.2 %-
all-71656 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.6362 Å2 / ksol: 0.329583 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.03 Å2-0.75 Å2-1.42 Å2
2--0.11 Å2-4.25 Å2
3----4.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16797 0 0 626 17423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.392.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 301 4.7 %
Rwork0.282 6142 -
obs--45.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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