[日本語] English
万見
- PDB-2hjs: The structure of a probable aspartate-semialdehyde dehydrogenase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hjs
タイトルThe structure of a probable aspartate-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa
要素USG-1 protein homolog
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / aspartate-semialdehyde dehydrogenase / probable hydrolase / Pseudomonas aeruginosa / structurual genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / amino acid biosynthetic process / NAD binding / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / USG-1 protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The structure of a probable aspartate-semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: USG-1 protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,74011
ポリマ－35,8591
非ポリマー88110
水5,495305
1
A: USG-1 protein homolog
ヘテロ分子

A: USG-1 protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,48122
ポリマ－71,7192
非ポリマー1,76220
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area8640 Å2
ΔGint39 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)177.438, 177.438, 58.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

詳細possible dimer

-
要素

#1: タンパク質 USG-1 protein homolog / probable aspartate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 35859.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: usg / プラスミド: p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O87014
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.79 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M Ammonium Citrate, 0.1M HEPES pH7.4, 18% PEG 3350, 4% Dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948, 0.97962
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
20.979621
反射解像度: 2.2→48.6 Å / Num. all: 26238 / Num. obs: 26238 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 8.264 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.156
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20888 1390 5 %RANDOM
Rwork0.17748 ---
obs0.17901 26238 99.58 %-
all-26238 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20.45 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 60 305 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.9933576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0825347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77724.234111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67215405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1581521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.51746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37322718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0763970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3164.5858
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 100 -
Rwork0.228 1826 -
obs--95.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.8798 Å / Origin y: 71.5874 Å / Origin z: 2.0773 Å
111213212223313233
T-0.4752 Å2-0.057 Å2-0.0824 Å2--0.3459 Å20.0215 Å2---0.4506 Å2
L1.9048 °20.7906 °21.0383 °2-1.3448 °20.3303 °2--1.9929 °2
S-0.1203 Å °0.1338 Å °0.1209 Å °-0.1772 Å °0.0893 Å °0.1765 Å °0.2024 Å °-0.0312 Å °0.031 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る