PDB-2hiz: Crystal Structure of human beta-secretase (BACE) in the presence ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hiz

タイトル

Crystal Structure of human beta-secretase (BACE) in the presence of an inhibitor

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Benson, T.E. / Prince, D.B. / Tomasselli, A.G. / Emmons, T.L. / Paddock, D.J.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Design of potent inhibitors of human beta-secretase. Part 1.
著者: Freskos, J.N. / Fobian, Y.M. / Benson, T.E. / Bienkowski, M.J. / Brown, D.L. / Emmons, T.L. / Heintz, R. / Laborde, A. / McDonald, J.J. / Mischke, B.V. / Molyneaux, J.M. / Moon, J.B. / ...

履歴

登録	2006年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hiz.cif.gz	234.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hiz.ent.gz	194.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hiz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hiz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	2hiz_validation.xml.gz	47.8 KB	表示
CIF形式データ	2hiz_validation.cif.gz	63.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3k5g-1 6nv9-1 5qd5-2 6dmi-d 5qd0-2 4zpg-d 5qd4-2 2ph6-d 5qcq-3 4lxk-1 3dv1-1 3ivi-3 5qcs-2 5qd1-1 6lyv-5 5qd4-1 5uu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

153 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.240, 104.090, 100.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Aspartyl ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 分子量: 50250.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-LIJ / BENZYL [(1S)-2-({(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-[(3-METHOXYBENZYL)AMINO]PROPYL}AMINO)-2-OXO-1-{[(1-PROPYLBUTYL)SULFONYL]METHYL}ETHYL]CARBAMATE 分子量: 667.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₉N₃O₇S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	詳細: 1.0M ammonium phosphate, 0.1M ammonium citrate pH 5.6, 293 K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 51993 / % possible obs: 91.3 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 0.613 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	0.346	5685	0.368	99.9
2.59-2.69	0.374	5634	0.712	99.9
2.69-2.82	0.2	5680	0.415	100
2.82-2.96	0.136	5686	0.413	100
2.96-3.15	0.095	5681	0.484	100
3.15-3.39	0.074	5644	0.557	100
3.39-3.73	0.129	2379	1.241	41.7
3.73-4.27	0.043	4116	0.907	72.3
4.27-5.38	0.029	5723	0.829	100
5.38-50	0.024	5765	0.69	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / FOM work R set: 0.814 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	5007	8.8 %
R_work	0.214	-	-
obs	-	49480	86.5 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.988 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.302 Å²	0 Å²	-0.628 Å²
2-	-	-9.051 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.749 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8790	0	156	230	9176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.504
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.43	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.896	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.457	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.919	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.5-2.52	0.396	57	0.317	591	648
2.52-2.53	0.402	114	0.322	922	1036
2.53-2.55	0.329	123	0.309	900	1023
2.55-2.57	0.435	114	0.33	936	1050
2.57-2.59	0.382	113	0.334	928	1041
2.59-2.61	0.368	109	0.309	886	995
2.61-2.63	0.36	89	0.315	910	999
2.63-2.65	0.329	87	0.308	883	970
2.65-2.67	0.345	117	0.287	958	1075
2.67-2.69	0.346	101	0.308	899	1000
2.69-2.72	0.307	95	0.316	936	1031
2.72-2.74	0.302	113	0.275	940	1053
2.74-2.76	0.371	82	0.275	962	1044
2.76-2.79	0.332	115	0.276	966	1081
2.79-2.81	0.364	125	0.271	957	1082
2.81-2.84	0.342	100	0.252	952	1052
2.84-2.87	0.326	105	0.255	980	1085
2.87-2.9	0.286	113	0.256	970	1083
2.9-2.93	0.287	103	0.244	995	1098
2.93-2.96	0.3	125	0.233	1000	1125
2.96-3	0.293	110	0.239	972	1082
3-3.03	0.315	112	0.244	1003	1115
3.03-3.07	0.317	123	0.243	1011	1134
3.07-3.11	0.297	118	0.232	946	1064
3.11-3.15	0.291	118	0.239	1031	1149
3.15-3.19	0.292	100	0.25	991	1091
3.19-3.24	0.305	102	0.242	1015	1117
3.24-3.28	0.252	109	0.225	1011	1120
3.28-3.34	0.296	118	0.22	970	1088
3.34-3.39	0.284	107	0.238	988	1095
3.39-3.45	0.28	118	0.238	1003	1121
3.45-3.51	0.25	116	0.225	934	1050
3.51-3.58	0.299	26	0.217	248	274
3.58-3.65
3.65-3.73	0.708	2	0.615	24	26
3.73-3.82	0.237	69	0.201	545	614
3.82-3.91	0.241	70	0.196	580	650
3.91-4.01	0.205	34	0.192	278	312
4.01-4.13	0.211	126	0.177	1012	1138
4.13-4.26	0.184	117	0.163	1009	1126
4.26-4.41	0.197	117	0.154	1039	1156
4.41-4.59	0.186	97	0.154	1042	1139
4.59-4.8	0.154	117	0.128	1025	1142
4.8-5.04	0.211	106	0.164	1045	1151
5.04-5.35	0.197	132	0.181	1022	1154
5.35-5.76	0.241	111	0.207	1047	1158
5.76-6.32	0.232	114	0.188	1044	1158
6.32-7.2	0.2	100	0.2	1051	1151
7.2-8.93	0.187	115	0.183	1049	1164
8.93-20	0.206	103	0.197	1067	1170

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	MSI_CNX_TOPPAR:dna-rna_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	MSI_CNX_TOPPAR:ion.param	MSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	lig.par	lig.top

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