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万見
- PDB-2hin: Structure of N15 Cro at 1.05 A: an ortholog of lambda Cro with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hin
タイトルStructure of N15 Cro at 1.05 A: an ortholog of lambda Cro with a completely different but equally effective dimerization mechanism
要素Repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / DIMER INTERFACE / HELIX-TURN-HELIX
機能・相同性DNA-binding transcriptional regulator Cro / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Repressor protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage N15 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / ACORN (Ddirect method) / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Dubrava, M.S. / Ingram, W.M. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: N15 Cro and lambda Cro: orthologous DNA-binding domains with completely different but equally effective homodimer interfaces.
著者: Dubrava, M.S. / Ingram, W.M. / Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Cordes, M.H.
履歴
登録2006年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor protein
B: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8724
ポリマ－15,6802
非ポリマー1922
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.579, 49.512, 43.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Repressor protein / Gp39


分子量: 7839.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage N15 (ファージ)
属: N15-like viruses / 遺伝子: cro (gene 39) / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q37964
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 1.8 M ammonium sulfate, 17.5 mg/mL protein, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
詳細: flat collimating mirror double crystal monochromator toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→25.57 Å / Num. all: 49888 / Num. obs: 49888 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.19 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 9.3 / Scaling rejects: 1582
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.05-1.093.630.4062.11757548420.5396.1
1.09-1.133.630.362.51774848870.696.6
1.13-1.183.640.3242.81797849410.6697
1.18-1.243.650.2643.41803849400.797.6
1.24-1.323.660.2024.41833850060.7398.3
1.32-1.433.690.1555.51852550210.7498.6
1.43-1.573.70.1138.21859750240.8799.3
1.57-1.84.360.10710.92229650970.9899.7
1.8-2.267.310.116.53762050891.3399.9
2.26-25.574.590.05124.52414350411.4797

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2SSIデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: ACORN (Ddirect method)
開始モデル: 10-RESIDUE ALPHA-HELIX

解像度: 1.05→24.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.996 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 2512 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.16 49887 --
obs0.16 49887 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.18 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.124 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→24.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1275 0 10 154 1439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.9681799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89332281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5885174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83924.30865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45315243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8881511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.76121051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7562329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16131317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3996588
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3589482
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.81532742
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.2973154
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.03632218
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 188 -
Rwork0.239 3401 -
obs-3401 95.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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