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- PDB-2hhp: Structure of yeast poly(A) polymerase in a closed conformation. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hhp
タイトルStructure of yeast poly(A) polymerase in a closed conformation.
要素Poly(A) polymerase
キーワードTRANSFERASE / template-independent RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sno(s)RNA 3'-end processing / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA 3'-end processing / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Poly(A) polymerase / Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / : / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...Poly(A) polymerase / Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / : / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Poly(A) polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bohm, A. / Toth, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: X-ray crystallographic and steady state fluorescence characterization of the protein dynamics of yeast polyadenylate polymerase.
著者: Balbo, P.B. / Toth, J. / Bohm, A.
履歴
登録2006年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9674
ポリマ－60,5641
非ポリマー4033
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.483, 84.918, 67.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細These crystals contain one molecule in the ASU, and the protein functions as a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) polymerase / PAP / Polynucleotide adenylyltransferase


分子量: 60564.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29468, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: The crystals were grown by combining the protein at 20mg/ml with an equal volume of 20% isopropanol, 20% Peg 4000, 100mM Citrate pH 5.6, and 0.1% beta mercaptoethanol, and then leaving the ...詳細: The crystals were grown by combining the protein at 20mg/ml with an equal volume of 20% isopropanol, 20% Peg 4000, 100mM Citrate pH 5.6, and 0.1% beta mercaptoethanol, and then leaving the hanging drops for two weeks over an empty reservoir well., vapor diffusion, hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 57072 / Num. obs: 56901 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 46
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1FA0

1fa0


解像度: 1.8→33.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.452 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23551 2305 4.1 %RANDOM
Rwork0.19698 ---
obs0.19849 54566 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.11 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4037 0 27 380 4444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9535922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1135558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04123.731201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16515762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.451532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9941.52724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43724301
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40631843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4764.51596
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 180 -
Rwork0.265 3915 -
obs--96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6060.0878-0.09740.6001-0.23560.1814-0.05360.0326-0.06220.0463-0.0264-0.0926-0.0192-0.01430.080.0097-0.01980.0051-0.0293-0.0343-0.030314.82616.2559.968
21.71320.04-0.00890.30240.06250.3216-0.0051-0.1957-0.2935-0.09630.045-0.0419-0.0061-0.0296-0.0398-0.0109-0.00330.0043-0.03350.0293-0.0129-2.479-6.8485.182
34.77260.79871.0021.9646-1.6462.7042-0.0754-0.55780.50410.60680.0021-0.0787-0.4976-0.34980.07330.16050.0591-0.09060.08850.1162-0.11054.01-6.98935.355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA41 - 19041 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2AA4 - 404 - 40
3X-RAY DIFFRACTION2AA191 - 357191 - 357
4X-RAY DIFFRACTION3AA358 - 530358 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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