PDB-2hg6: Solution NMR Structure of Protein PA1123 from Pseudomonas aerugin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hg6

タイトル

Solution NMR Structure of Protein PA1123 from Pseudomonas aeruginosa. Northeast Structural Genomics Consortium Target PaT4; Ontario Centre for Structural Proteomics Target PA1123.

要素

Hypothetical protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / hypothetical protein Pseudomonas aeruginosa / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

PA1123-like / PA1123-like / PA1123-like domain / PA1123-like superfamily / Protein of unknown function (DUF2025) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / DUF2025 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Lemak, A. / Srisailam, S. / Yee, A. / Lukin, J.A. / Orekhov, V.Y. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of a hypothetical protein from Pseudomonas aeruginosa (Northeast Structural Genomics Consortium Target: PaT4; Ontario Centre for Structural Proteomics Target: PA1123)
著者: Lemak, A. / Srisailam, S. / Yee, A. / Lukin, J.A. / Orekhov, V.Y. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2006年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hg6.cif.gz	669.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hg6.ent.gz	562.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hg6_validation.pdf.gz	341.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hg6_full_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示
XML形式データ	2hg6_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	2hg6_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kxr-d 5iaz-d 2kgf-d 3k6t-1 3c12-d 3kbl-2 3k6t-2 1jj6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: PaT4

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations,lowest energy

#1: タンパク質	Hypothetical protein 分子量: 14749.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I4L2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D N15/13C time shared NOESY
1	2	2	3D 13C-separated NOESY
1	3	2	4D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM Protein, U-15N,13C; 10 mM Phosphate Buffer;400mM NaCl;10mM DTT; 0.01% NaN3; 1mM Benzamidine; 1X protease; inhibitor cocktail; 95% H2O+5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	Phosphate Buffer;400mM NaCl;10mM DTT; 0.01% NaN3; 1mM Benzamidine; 1X protease inhibitor cocktail; 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 400 mM NaCl, 10 mM Phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.3	Delaglio, F. etal	解析
Sparky	3.106	Goddar, T.D. and Kneller, D.G. UCSF	データ解析
CYANA	2.1	Gunter, P.	構造決定
CNS	1.1	Brunger, A.T. etal	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1887 NOE distance constraints 22 Hydrogen bond constraints 122 Angle restraints

代表構造

選択基準: fewest violations,lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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