PDB-2hg4: Structure of the ketosynthase-acyltransferase didomain of module ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hg4

タイトル

Structure of the ketosynthase-acyltransferase didomain of module 5 from DEBS.

要素

6-Deoxyerythronolide B Synthase

キーワード

TRANSFERASE / ketosynthase / acyltransferase / module 5 / DEBS

機能・相同性

機能・相同性情報

erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

Alpha-Beta Plaits - #3290 / Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / Thioesterase / Thioesterase domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Tang, Y. / Kim, C.Y. / Mathews, I.I. / Cane, D.E. / Khosla, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: The 2.7-A crystal structure of a 194-kDa homodimeric fragment of the 6-deoxyerythronolide B synthase.
著者: Tang, Y. / Kim, C.Y. / Mathews, I.I. / Cane, D.E. / Khosla, C.

履歴

登録	2006年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hg4.cif.gz	952.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hg4.ent.gz	784.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2hg4_validation.pdf.gz	537.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2hg4_full_validation.pdf.gz	642.1 KB	表示
XML形式データ	2hg4_validation.xml.gz	198.6 KB	表示
CIF形式データ	2hg4_validation.cif.gz	254.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	9192 20239 4g8o-d 5my2-2 5guw-d 3hhd-2 2qo3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

B: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

C: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

D: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

E: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

F: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

ヘテロ分子

589 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

B: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

D: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

F: 6-Deoxyerythronolide B Synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	305.258, 150.149, 184.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ASP	ASP	A	A	27 - 457	27 - 457
2	1	THR	THR	ASP	ASP	B	B	27 - 457	27 - 457
3	1	THR	THR	ASP	ASP	C	C	27 - 457	27 - 457
4	1	THR	THR	ASP	ASP	D	D	27 - 457	27 - 457
5	1	THR	THR	ASP	ASP	E	E	27 - 457	27 - 457
6	1	THR	THR	ASP	ASP	F	F	27 - 457	27 - 457
1	2	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	466 - 901	466 - 901
2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	466 - 901	466 - 901
3	2	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	466 - 901	466 - 901
4	2	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	466 - 901	466 - 901
5	2	GLY	GLY	ILE	ILE	E	E	466 - 901	466 - 901
6	2	GLY	GLY	ILE	ILE	F	F	466 - 901	466 - 901

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

Dimer. Molecules A and B, C and D, E and F form biological dimers.

#1: タンパク質	6-Deoxyerythronolide B Synthase / DEBS 分子量: 97980.922 Da / 分子数: 6 断片: ketosynthase-acyltransferase didomain of didomain module 5 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) 遺伝子: eryA / プラスミド: pAYC10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 参照: UniProt: Q5UNP4, UniProt: Q03133*PLUS, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9392, 0.9793, 0.9789

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月13日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Single Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9392	1
2	0.9793	1
3	0.9789	1

反射

解像度: 2.73→48.17 Å / Num. all: 206652 / Num. obs: 206652 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 57.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度: 2.73→2.88 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 30114 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.73→48.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 34.897 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.318
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	10395	5 %	RANDOM
R_work	0.21612	-	-	-
all	0.2181	206602	-	-
obs	0.2181	196207	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	-4.51 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→48.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39038	0	54	310	39402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	39848
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	36915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.957	54195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	84883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.147	5	5263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.495	22.377	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.575	15	5903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.088	15	455
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	6034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	46032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	8461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	9308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	38594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	19624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	25861
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.213	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.606	1.5	30548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.093	1.5	10844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.772	2	41414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.97	3	15002
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.619	4.5	12781
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	5974	medium positional	0.39	0.5
1	2	B	5974	medium positional	0.42	0.5
1	3	C	5974	medium positional	0.45	0.5
1	4	D	5974	medium positional	0.43	0.5
1	5	E	5974	medium positional	0.37	0.5
1	6	F	5974	medium positional	0.39	0.5
2	1	A	6391	medium positional	0.44	0.5
2	2	B	6391	medium positional	0.51	0.5
2	3	C	6391	medium positional	0.51	0.5
2	4	D	6391	medium positional	0.46	0.5
2	5	E	6391	medium positional	0.46	0.5
2	6	F	6391	medium positional	0.47	0.5
1	1	A	5974	medium thermal	0.33	2
1	2	B	5974	medium thermal	0.3	2
1	3	C	5974	medium thermal	0.28	2
1	4	D	5974	medium thermal	0.28	2
1	5	E	5974	medium thermal	0.28	2
1	6	F	5974	medium thermal	0.29	2
2	1	A	6391	medium thermal	0.35	2
2	2	B	6391	medium thermal	0.3	2
2	3	C	6391	medium thermal	0.28	2
2	4	D	6391	medium thermal	0.28	2
2	5	E	6391	medium thermal	0.29	2
2	6	F	6391	medium thermal	0.28	2

LS精密化シェル

解像度: 2.73→2.801 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	732	-
R_work	0.366	14499	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8673	-0.2881	0.8115	0.6177	-0.6388	2.0724	0.0062	0.2652	-0.0019	-0.0628	-0.0275	-0.1054	0.185	0.0386	0.0212	-0.3694	0.0166	0.0934	-0.3582	-0.0065	-0.2857	27.6417	92.1007	53.6886
2	1.3645	-0.6984	0.7984	0.4863	-0.7857	1.5707	0.2463	-0.0806	-0.0491	-0.1732	-0.0478	0.0085	0.0309	0.2359	-0.1986	-0.0535	-0.0094	0.0088	-0.398	-0.0843	-0.0983	59.4409	57.1231	99.3916
3	1.786	0.3185	1.2529	0.5913	0.581	1.7232	-0.115	-0.3364	-0.0636	-0.2054	0.0851	-0.0038	-0.3476	0.1785	0.0299	-0.2672	-0.179	0.1378	-0.0672	-0.0185	-0.2751	101.0083	169.8407	4.5214
4	0.8143	-0.1318	0.5379	0.6588	-0.0575	1.3817	0.2743	0.1713	-0.1745	-0.3444	0.0254	0.2916	0.3458	0.124	-0.2997	0.0793	-0.0524	-0.2055	-0.2934	-0.0158	-0.0291	70.5681	134.2451	-41.1594
5	1.1789	0.2425	1.0678	0.1954	0.5578	1.8605	0.2644	0.2379	-0.1916	0.1778	-0.0194	0.0262	0.6282	-0.0662	-0.2449	0.0768	-0.1492	-0.033	-0.1701	-0.0006	-0.0821	47.324	133.688	18.4933
6	1.2745	0.0545	0.997	0.4069	0.3432	3.3785	-0.1524	-0.0763	0.0372	0.0068	0.134	-0.0111	-0.0333	0.5317	0.0184	-0.3723	-0.0323	0.0897	-0.2435	0.0126	-0.2814	81.7247	169.7433	63.8724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 901	9 - 901
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	9 - 901	9 - 901
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	9 - 901	9 - 901
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	7 - 901	7 - 901
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	16 - 901	16 - 901
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	20 - 901	20 - 901

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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