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- PDB-2hen: Crystal Structure of the EphB2 Receptor Kinase domain in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hen
タイトルCrystal Structure of the EphB2 Receptor Kinase domain in complex with ADP
要素Ephrin type-B receptor 2
キーワードTRANSFERASE / Eph kinase domain / activation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T-helper 17 type immune response / Ephrin signaling / EPH-Ephrin signaling / hindbrain tangential cell migration / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / vesicle-mediated intercellular transport / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / optic nerve morphogenesis / tight junction assembly / urogenital system development ...regulation of T-helper 17 type immune response / Ephrin signaling / EPH-Ephrin signaling / hindbrain tangential cell migration / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / vesicle-mediated intercellular transport / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / optic nerve morphogenesis / tight junction assembly / urogenital system development / neuron projection retraction / EPHB-mediated forward signaling / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of body fluid levels / postsynaptic membrane assembly / axon guidance receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / negative regulation of axonogenesis / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / corpus callosum development / dendritic spine development / regulation of filopodium assembly / camera-type eye morphogenesis / ephrin receptor activity / regulation of autophagosome assembly / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / dendritic spine morphogenesis / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of behavioral fear response / negative regulation of Ras protein signal transduction / commissural neuron axon guidance / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell surface / phosphorylation / axonal fasciculation / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of synapse assembly / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / inner ear morphogenesis / positive regulation of immunoglobulin production / regulation of axonogenesis / regulation of blood coagulation / regulation of synapse assembly / roof of mouth development / B cell activation / ephrin receptor signaling pathway / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of B cell proliferation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron projection maintenance / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / axon guidance / animal organ morphogenesis / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of long-term synaptic potentiation / learning / positive regulation of protein localization to plasma membrane / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amyloid-beta / cell morphogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / amyloid-beta binding / cellular response to lipopolysaccharide / signaling receptor activity / protein tyrosine kinase activity / presynaptic membrane / angiogenesis / dendritic spine / learning or memory / postsynaptic membrane / postsynapse / positive regulation of cell migration / signaling receptor binding / axon / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-B receptor 2, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin cysteine rich domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain ...Ephrin type-B receptor 2, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin cysteine rich domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Fibronectin type III domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ephrin type-B receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wybenga-Groot, L.E. / Sicheri, F. / Pawson, T.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2006
タイトル: A change in conformational dynamics underlies the activation of Eph receptor tyrosine kinases
著者: Wiesner, S. / Wybenga-Groot, L.E. / Warner, N. / Lin, H. / Pawson, T. / Forman-Kay, J.D. / Sicheri, F.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-B receptor 2
B: Ephrin type-B receptor 2
C: Ephrin type-B receptor 2
D: Ephrin type-B receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,94612
ポリマ－129,1404
非ポリマー1,8068
水5,423301
1
A: Ephrin type-B receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7373
ポリマ－32,2851
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ephrin type-B receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7373
ポリマ－32,2851
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ephrin type-B receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7373
ポリマ－32,2851
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ephrin type-B receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7373
ポリマ－32,2851
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.798, 98.304, 114.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ephrin type-B receptor 2 / Tyrosine-protein kinase receptor EPH-3 / Neural kinase / Nuk receptor tyrosine kinase / SEK-3


分子量: 32285.070 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain (residues 622-906) / 変異: D754A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ephb2, Epth3, Nuk, Sek3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54763, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12 % (w/v) PEG 20000, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 428269 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→23.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 233727.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4050 10.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 40244 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.3215 Å2 / ksol: 0.322296 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å20 Å2-0.82 Å2
2--4.25 Å20 Å2
3----6.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8151 0 112 301 8564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 681 10.7 %
Rwork0.273 5658 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3adp.paradp.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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