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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hek | ||||||
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タイトル | Crystal structure of O67745, a hypothetical protein from Aquifex aeolicus at 2.0 A resolution. | ||||||
要素 | Hypothetical protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics / Unknown Function / Predominantly alpha helical protein with GDP binding site and active site being far from each other / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å | ||||||
データ登録者 | Oganesyan, V. / Jancarik, J. / Adams, P.D. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Structure of O67745_AQUAE, a hypothetical protein from Aquifex aeolicus. 著者: Oganesyan, V. / Adams, P.D. / Jancarik, J. / Kim, R. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hek.cif.gz | 335.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hek.ent.gz | 273.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hek.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hek_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hek_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2hek_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hek_validation.cif.gz | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2hek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/2hek | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Asymmetric unit contains 2 polypeptides and each of two GDP molecules have contacts with both polypeptides. This information is used to call the asymmetric unit contents a biological assembly. Although it should be mentioned here that two such homodimers have also very intensive contact area. That symmetry operation is: -x,y,-z+1/2. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44186.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pB2.1275B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: O67745 |
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-非ポリマー , 7種, 377分子
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-BR / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 10 mg/ml protein was mixed with 1:1 ratio with reservoir consisted of: 200 mM NaCl, 100 mM Phosphate-Citrate buffer, 10% PEG 3000, 100 mM NaBr, 5% Glycerol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日 詳細: Divergence: 3.0(h)x0.35(v) mrad Spot size: 0.140(h)x0.150(v) mm |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.997→43 Å / Num. all: 80115 / Num. obs: 76300 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.997→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 8061 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.99 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.142 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.997→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.997→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
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