[日本語] English
万見
- PDB-2hek: Crystal structure of O67745, a hypothetical protein from Aquifex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hek
タイトルCrystal structure of O67745, a hypothetical protein from Aquifex aeolicus at 2.0 A resolution.
要素Hypothetical protein
キーワードStructural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function / Predominantly alpha helical protein with GDP binding site and active site being far from each other / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTPase activity / dGTP catabolic process
類似検索 - 分子機能
HD domain like / HD associated region / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Alpha-Beta Plaits ...HD domain like / HD associated region / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / HD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Oganesyan, V. / Jancarik, J. / Adams, P.D. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Structure of O67745_AQUAE, a hypothetical protein from Aquifex aeolicus.
著者: Oganesyan, V. / Adams, P.D. / Jancarik, J. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2006年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,76424
ポリマ－88,3732
非ポリマー2,39122
水6,395355
1
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,52948
ポリマ－176,7474
非ポリマー4,78244
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area21560 Å2
ΔGint-401 kcal/mol
Surface area56990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.687, 144.413, 144.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Asymmetric unit contains 2 polypeptides and each of two GDP molecules have contacts with both polypeptides. This information is used to call the asymmetric unit contents a biological assembly. Although it should be mentioned here that two such homodimers have also very intensive contact area. That symmetry operation is: -x,y,-z+1/2.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypothetical protein /


分子量: 44186.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pB2.1275B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: O67745

-
非ポリマー , 7種, 377分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10 mg/ml protein was mixed with 1:1 ratio with reservoir consisted of: 200 mM NaCl, 100 mM Phosphate-Citrate buffer, 10% PEG 3000, 100 mM NaBr, 5% Glycerol, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日
詳細: Divergence: 3.0(h)x0.35(v) mrad Spot size: 0.140(h)x0.150(v) mm
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→43 Å / Num. all: 80115 / Num. obs: 76300 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.997→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 8061 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.99 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 3807 5 %RANDOM
Rwork0.17455 ---
all0.17686 75574 --
obs0.17686 71767 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3----1.24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6218 0 132 355 6705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.9918709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4165736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.44522.943333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.866151207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0011558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24434
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0860.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.04543825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.13365965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.99543033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.61762744
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.69836858
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.2153363
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.60336345
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 263 -
Rwork0.196 4802 -
obs-8061 92.55 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る