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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hee | ||||||
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タイトル | CONTRIBUTION OF WATER MOLECULES IN THE INTERIOR OF A PROTEIN TO THE CONFORMATIONAL STABILITY | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE / O-GLYCOSYL / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Takano, K. / Funahashi, J. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Yutani, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contribution of water molecules in the interior of a protein to the conformational stability. 著者: Takano, K. / Funahashi, J. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Yutani, K. #1: ![]() タイトル: Contribution of the Hydrophobic Effect to the Stability of Human Lysozyme: Calorimetric Studies and X-Ray Structural Analyses of the Nine Valine to Alanine Mutants 著者: Takano, K. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Yutani, K. #2: ![]() タイトル: Contribution of Hydrophobic Residues to the Stability of Human Lysozyme: Calorimetric Studies and X-Ray Structural Analysis of the Five Isoleucine to Valine Mutants 著者: Takano, K. / Ogasahara, K. / Kaneda, H. / Yamagata, Y. / Fujii, S. / Kanaya, E. / Kikuchi, M. / Oobatake, M. / Yutani, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 360.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 360.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14664.586 Da / 分子数: 1 / 変異: I59G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子 (発現宿主): HUMAN LYSOZYME WITH ILE 59 REPLACED BY GLY 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月14日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 10885 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35373 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.131 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |