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- PDB-2hdi: Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hdi
タイトルCrystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli in complex with receptor binding domain of Colicin Ia.
要素
  • Colicin I receptor
  • Colicin-Ia
キーワードProtein Transport / Antimicrobial Protein / Outer membrane / Iron transport / TonB box / Signal transduction / Colicin I Receptor / Receptor Ligand / Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore-iron transmembrane transporter activity / pore-forming activity / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / intracellular iron ion homeostasis ...siderophore-iron transmembrane transporter activity / pore-forming activity / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / intracellular iron ion homeostasis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Colicin Ia; domain 2 / Colicin Ia; domain 2 / Channel forming colicin, N-terminal domain superfamily / Channel forming colicin, central receptor recognition / Colicin Ia / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. ...Colicin Ia; domain 2 / Colicin Ia; domain 2 / Channel forming colicin, N-terminal domain superfamily / Channel forming colicin, central receptor recognition / Colicin Ia / Channel forming colicin, C-terminal cytotoxic / Channel forming colicin, C-terminal domain superfamily / Colicin pore forming domain / Channel forming colicins signature. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-Ia / Colicin I receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Buchanan, S.K. / Esser, L. / Lukacik, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structure of colicin I receptor bound to the R-domain of colicin Ia: implications for protein import.
著者: Buchanan, S.K. / Lukacik, P. / Grizot, S. / Ghirlando, R. / Ali, M.M. / Barnard, T.J. / Jakes, K.S. / Kienker, P.K. / Esser, L.
履歴
登録2006年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin I receptor
B: Colicin-Ia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6444
ポリマ－84,1862
非ポリマー4592
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.633, 130.494, 56.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Colicin I receptor


分子量: 71294.242 Da / 分子数: 1 / 断片: Colicin I receptor / 変異: W338M, L343M, F589M, V591M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cirA / プラスミド: pET20b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17315
#2: タンパク質 Colicin-Ia


分子量: 12891.374 Da / 分子数: 1 / 断片: R domain of Colicin Ia / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cia / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06716
#3: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 9 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.2M NACL, 0.05% LDAO, 0.45% C8E4, 3% HEPTANETRIOL MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M MES PH6.2, 10% GLYCEROL, 22% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月24日
放射モノクロメーター: Si 220 (Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 32311 / Num. obs: 32311 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 3632 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HDF

2hdf


解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 9.389 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24929 1550 5 %RANDOM
Rwork0.18781 ---
all0.19097 29295 --
obs0.19097 29295 95.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å2-0.61 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5510 0 19 255 5784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9417739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3095709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31724.326282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0115938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8831540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23782
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.46943582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.61355648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.22792435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.066112089
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 91 -
Rwork0.217 1638 -
obs--73.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3880.55530.20132.377-0.23551.8621-0.03550.0456-0.20210.0241-0.0181-0.3288-0.02570.32740.0536-0.0013-0.0055-0.01270.0198-0.02930.034832.3945-20.263813.96
20.73970.29830.11590.848-0.13320.3266-0.00070.0821-0.1392-0.05790.0121-0.10530.00190.0538-0.0114-0.07570.00430.0155-0.0472-0.0326-0.084833.0705-16.971715.2132
35.4744-0.09150.38070.65610.07721.17150.01110.51520.3994-0.0236-0.0993-0.11990.02180.13930.0883-0.02350.0484-0.0035-0.06370.0555-0.11465.00511.161913.6688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA31 - 1607 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2AA161 - 663137 - 639
3X-RAY DIFFRACTION3BB282 - 38410 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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