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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hd6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human carbonic anhydrase II in complex with a hypoxia-activatable sulfonamide. | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | De Simone, G. / Vitale, R.M. / Di Fiore, A. / Pedone, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006 タイトル: Carbonic anhydrase inhibitors: Hypoxia-activatable sulfonamides incorporating disulfide bonds that target the tumor-associated isoform IX. 著者: De Simone, G. / Vitale, R.M. / Di Fiore, A. / Pedone, C. / Scozzafava, A. / Montero, J.L. / Winum, J.Y. / Supuran, C.T. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1988 タイトル: Refined structure of human carbonic anhydrase II at 2.0 A resolution. 著者: Eriksson, A.E. / Jones, T.A. / Liljas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hd6.cif.gz | 72.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hd6.ent.gz | 51.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hd6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/2hd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/2hd6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ca2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29157.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 6種, 235分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-MBO / |
#5: 化合物 | ChemComp-BOS / |
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 2.5 M Ammonium Sulphate, 0.3 M Sodium Chloride, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.2, 5 mM 4-(Hydroxymercurybenzoate)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 21376 / % possible obs: 96 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 86.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1CA2 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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