ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | CBASS | | データ収集 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1Z7I 解像度: 1.4→18.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 711051.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: DNA-RNA
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.187 | 435 | 10.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.17 | - | - | - |
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all | 0.172 | 4252 | - | - |
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obs | 0.17 | 4252 | 92.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.0525 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.5 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.86 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.86 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.71 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.15 Å | 0.13 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.08 Å | 0.08 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.72 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 163 | 0 | 43 | 206 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.015 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d34.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d2.04 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.244 | 52 | 9.6 % |
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Rwork | 0.221 | 492 | - |
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obs | - | 492 | 73.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramdna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | dna-rna_ums.par | ion.topX-RAY DIFFRACTION | 5 | cac.parums.top | | | | | | | |
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