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万見
- PDB-2hbs: THE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYHEMOGLOBIN S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hbs
タイトルTHE HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYHEMOGLOBIN S
要素
  • HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
  • HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Harrington, D.J. / Adachi, K. / Royer Junior, W.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The high resolution crystal structure of deoxyhemoglobin S.
著者: Harrington, D.J. / Adachi, K. / Royer Jr., W.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Refined Crystal Structure of Deoxyhemoglobin S. II. Molecular Interactions in the Crystal
著者: Padlan, E.A. / Love, W.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: Refined Crystal Structure of Deoxyhemoglobin S. I. Restrained Least-Squares Refinement at 3.0-A Resolution
著者: Padlan, E.A. / Love, W.E.
#3: ジャーナル: Inserm Symp. / 年: 1978
タイトル: Intermolecular Interactions in Crystals of Human Deoxy Hemoglobin A, C, F and S
著者: Love, W.E. / Fitzgerald, P.M.D. / Hanson, J.C. / Royer Junior, W.E.
#4: ジャーナル: Proceedings of the Symposium on Molecular and Cellular Aspects of Sickle Cell Disease, Dallas, Texas, December 10, 1975 (in: Dhew Pub (Nih) (Us), No.76-1007)
年: 1976
タイトル: Crystal Structure of Sickle-Cell Deoxyhemoglobin
著者: Wishner, B.C. / Hanson, J.C. / Ringle, W.M. / Love, W.E.
#5: ジャーナル: Proceedings of the First National Symposium on Sickle Cell Disease, Washington, D.C., June 27-29, 1974 (in: Dhew Pub (Nih) (Us), No.75-723)
年: 1975
タイトル: Crystals of Deoxy Sickle Cell Hemoglobin
著者: Wishner, B.C. / Love, W.E.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Crystal Structure of Sickle-Cell Deoxyhemoglobin at 5 A Resolution
著者: Wishner, B.C. / Ward, K.B. / Lattman, E.E. / Love, W.E.
履歴
登録1997年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
C: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
D: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
E: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
F: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
G: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
H: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,97416
ポリマ－124,0428
非ポリマー4,9328
水10,323573
1
A: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
C: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
D: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4878
ポリマ－62,0214
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
2
E: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
F: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
G: HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN
H: HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4878
ポリマ－62,0214
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11250 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.344, 185.681, 52.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9997, -0.0211, 0.01274), (-0.02101, -0.99975, -0.00726), (0.01289, 0.00699, -0.99989)
ベクター: -31.14513, 95.20869, 79.04881)

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要素

#1: タンパク質
HEMOGLOBIN S (DEOXY), ALPHA CHAIN


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELLS / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BLOOD / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
HEMOGLOBIN S (DEOXY), BETA CHAIN


分子量: 15860.216 Da / 分子数: 4 / Mutation: E6V VARIANT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELLS / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BLOOD / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 % / 解説: HIGH RESOLUTION DATA USED TO REFINE 1HBS STRUCTURE
結晶化pH: 4
詳細: HBS WAS SUSPENDED IN 30 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0, DEOXYGENATED AND CONCENTRATED TO 120 MG/ML. PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN AN ANAEROBIC CHAMBER IN TUBE CONTAINING 10 UL PROTEIN SOLUTION, 5 ...詳細: HBS WAS SUSPENDED IN 30 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0, DEOXYGENATED AND CONCENTRATED TO 120 MG/ML. PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN AN ANAEROBIC CHAMBER IN TUBE CONTAINING 10 UL PROTEIN SOLUTION, 5 UL CITRATE BUFFER (PH 4.0), AND 4UL OF 33% PEG 8K, crystallized in anaerobic chamber
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: refer to Wishner, B.C., (1976) Proceedings of the Symposium on Molecular and Cellular Aspects of Sickle Cell Disease, pp. 1-31.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1120 mg/mlHbS11
230 mMphosphate11

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月9日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→100 Å / Num. obs: 72955 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rsym value: 0.093
反射 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rsym value: 0.371 / % possible all: 86.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.1 % / Rmerge(I) obs: 0.371

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.05→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 6479 10.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.165 64050 84.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8760 0 344 573 9677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.941.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.892
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.672
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 632 10.7 %
Rwork0.247 5270 -
obs--62.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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