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- PDB-2hbo: Crystal structure of a thioesterase superfamily protein (cc_3309)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hbo
タイトルCrystal structure of a thioesterase superfamily protein (cc_3309) from caulobacter vibrioides at 1.85 A resolution
要素Hypothetical protein (np_422103.1)
キーワードHYDROLASE / Thioesterase/thiol ester dehydrase-isomerase fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Acyl-coenzyme A thioesterase 13 / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4HBT domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (np_422103.1) from Caulobacter crescentus at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein (np_422103.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2594
ポリマ－17,7801
非ポリマー4793
水1,15364
1
A: Hypothetical protein (np_422103.1)
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein (np_422103.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5178
ポリマ－35,5602
非ポリマー9576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.440, 53.440, 99.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein (np_422103.1)


分子量: 17780.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: np_422103.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A395
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.141.08DATA FROM A SE-MET CONTAINING CRYSTAL IN SPACEGROUP P4(3)2(1)2 WAS USED FOR THE MAD PHASING EXPERIMENTS AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION. THIS MAD STRUCTURE WAS USE D AS A MOLECULAR REPLACEMENT MODEL TO PHASE THIS STRUCTURE AT 1.85 ANGSTROMS RES OLUTION IN THE P4(2)2(1)2 SPACEGROUP.
2DATA FROM A SE-MET CONTAINING CRYSTAL IN SPACEGROUP P4(3)2(1)2 WAS USED FOR THE MAD PHASING EXPERIMENTS AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION. THIS MAD STRUCTURE WAS USE D AS A MOLECULAR REPLACEMENT MODEL TO PHASE THIS STRUCTURE AT 1.85 ANGSTROMS RES OLUTION IN THE P4(2)2(1)2 SPACEGROUP.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop6.60.2M NH4Formate, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop4.240.0% PEG-300, 0.1M Phosphate Citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.91162
シンクロトロンSSRL BL11-120.979008, 0.979318, 0.918370
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2006年5月14日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年5月8日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.9790081
30.9793181
40.918371
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 12896 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.95.50.8058870.9741,2100
1.9-1.956.90.69001.0371,2100
1.95-27.10.4958841.0081,2100
2-2.077.10.3979120.9961,2100
2.07-2.147.10.3179040.9191,2100
2.14-2.237.10.2238990.9541,2100
2.23-2.337.10.1989010.9611,2100
2.33-2.457.10.1619091.0771,2100
2.45-2.617.10.1269180.9781,2100
2.61-2.817.10.0969220.9641,2100
2.81-3.0970.079200.9231,2100
3.09-3.546.90.0549501.0621,299.9
3.54-4.466.60.0439570.8631,299.5
4.46-5060.05210330.8961,298.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→28.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.068 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. PEG-3350 HAS BEEN PARTIALLED MODELED AS PE4. 4. THERE ARE SOME POSITIVE DIFFERENCE DENSITIES AROUND PEG THAT SUGGEST THAT PEG MOLECULE MIGHT OCCUPY ALTERNATE CONFORMATIONS WITH PARTIAL OCCUPANCIES. 5. ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM CRYO CONDITION HAS BEEN MODELED. 6. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 628 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 12846 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.857 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1089 0 31 64 1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.9521562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82332516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9015147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.0921.63349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46515187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8171511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5982752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2972304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.33841115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3824519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.126444
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 38 -
Rwork0.298 867 -
obs-905 98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.695812.00656.043822.72-4.582214.3167-0.1885-0.1391-0.39981.7376-0.5626-0.73130.6692-0.76150.7510.21150.0340.06650.0282-0.0253-0.03857.755-20.492-7.389
21.08850.6675-0.30412.4107-0.25790.65430.00150.10290.05690.1027-0.05210.0175-0.0319-0.06560.0506-0.0716-0.02560.03350.0546-0.037-0.21387.773-7.513-16.776
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1112 - 1713 - 18
2218 - 15319 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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