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- PDB-2hbn: Crystallization of the Tl+-form of the Oxytricha nova G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hbn
タイトルCrystallization of the Tl+-form of the Oxytricha nova G-quadruplex
要素5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / Deoxyribonucleic acid / G-Quadruplex / Thallium
機能・相同性THALLIUM (I) ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Gill, M.L. / Strobel, S.A. / Loria, J.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Crystallization and characterization of the thallium form of the Oxytricha nova G-quadruplex.
著者: Gill, M.L. / Strobel, S.A. / Loria, J.P.
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,26614
ポリマ－15,2224
非ポリマー2,04410
水79344
1
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6337
ポリマ－7,6112
非ポリマー1,0225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6337
ポリマ－7,6112
非ポリマー1,0225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.375, 48.210, 96.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3805.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Sterkiella nova telomere
#2: 化合物
ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5 mM DNA, 50 mM Potassium cacodylate, 10 mM Magnesium acetate, 40 mM Potassium acetate, 5% (v/v) MPD mixed with equal amount of 35% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Potassium cacodylate11
2Magnesium acetate11
3Potassium acetate11
4MPD11
5HOH11
6MPD12
7Potassium acetate12
8Potassium cacodylate12
9HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月6日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→43.11 Å / Num. all: 19237 / Num. obs: 18241 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 3522 / Χ2: 0.561 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JRN

1jrn


解像度: 1.55→43.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.774 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 930 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.228 18241 --
obs-18241 94.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→43.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1012 10 44 1066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.90331760
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2830.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1120.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.24
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16631760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7454.51760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.8631760
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.487359
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.08131012
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 69 -
Rwork0.314 1173 -
obs-1242 89.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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