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万見
- PDB-2hay: The Crystal Structure of the Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hay
タイトルThe Crystal Structure of the Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from Streptococcus pyogenes M1 GAS
要素Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase NfsB-like / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Kim, Y. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Putative NAD(P)H-Flavin Oxidoreductase from Streptococcus pyogenes M1 GAS
著者: Kim, Y. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
B: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
C: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
D: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,25213
ポリマ－103,9474
非ポリマー2,3069
水10,971609
1
A: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
B: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1747
ポリマ－51,9732
非ポリマー1,2015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
2
C: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
D: Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0786
ポリマ－51,9732
非ポリマー1,1054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.205, 91.874, 175.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase / NADP / H-dependent quinone reductase


分子量: 25986.631 Da / 分子数: 4 / 断片: putative NAD(P)H-flavin oxidoreductase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pyogenes / 株: SF370 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9A120, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate 0.1M MES pH 6.5 30% PEG 5000 MME and Flavin, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 282K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator Si111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 58066 / Num. obs: 55236 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 4.04 / % possible all: 73.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.11→40.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.133 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23246 5552 10.1 %RANDOM
Rwork0.17456 ---
all0.18034 49579 --
obs0.18034 49579 96.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6 Å20 Å20 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→40.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7049 0 149 609 7807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.98110389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.985930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84724.197355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.873151414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6631548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23730
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6841.54542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23927340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03333114
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1454.53049
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 338
Rwork0.197 2845
obs-2845
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7603-0.140.141.0934-0.33772.33230.0001-0.0177-0.05050.08430.04860.03490.1038-0.2024-0.0487-0.04560.00880.031-0.12550.0126-0.094450.35830.9868.715
20.4954-0.0514-0.08140.82840.31412.60820.02540.0190.01360.01740.0417-0.0087-0.277-0.0556-0.0671-0.00980.04860.0319-0.14770.0197-0.099552.02444.26165.029
30.63820.0135-0.23721.4147-0.15872.53490.019-0.01260.1007-0.06130.0204-0.014-0.1602-0.0533-0.0394-0.0375-0.0364-0.0023-0.1455-0.0201-0.088747.6560.684109.797
40.66870.06080.00941.23480.40982.29250.0505-0.06390.01230.03370.0282-0.11110.09540.0854-0.0787-0.0591-0.03810.0027-0.1239-0.0063-0.101252.00248.224113.623
50.012-0.0998-0.05280.84890.58851.38940.35150.04940.09790.0212-0.0438-0.26230.01150.0385-0.3078-0.0245-0.04340.0793-0.0154-0.0205-0.07250.78446.06289.367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 221
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5A702
6X-RAY DIFFRACTION5C704
7X-RAY DIFFRACTION5B701
8X-RAY DIFFRACTION5D703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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