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- PDB-2h6a: Crystal structure of the zinc-beta-lactamase L1 from Stenotrophom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h6a
タイトルCrystal structure of the zinc-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia (mono zinc form)
要素Metallo-beta-lactamase L1
キーワードHYDROLASE / METALLO / ZN / LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase L1 type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nauton, L. / Garau, G. / Kahn, R. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the design of inhibitors for the L1 metallo-beta-lactamase from Stenotrophomonas maltophilia.
著者: Nauton, L. / Kahn, R. / Garau, G. / Hernandez, J.F. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: The 3-D Structure of a Zinc Metallo-Beta-Lactamase from Bacillus Cereus Reveals a New Type of Protein Fold
著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Metallo-Beta-Lactamase Enzyme in Action: Crystal Structures of the Monozinc Carbapenemase Cpha and its Complex with Biapenem
著者: Garau, G. / Bebrone, C. / Anne, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O.
履歴
登録2006年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THESE COORDINATES CONTAIN NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY ...SEQUENCE THESE COORDINATES CONTAIN NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY (SEE REFERENCE 1). Residue B THR 57 and Residue B GLU 67 are not linked. The length of the C-N(B) bond is 1.77A. Also, residue B ARG 276 and residue B ALA 289 are not linked. The C(A)-N bond is 2.42A.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase L1
B: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,18810
ポリマ－57,4812
非ポリマー7078
水12,142674
1
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1906
ポリマ－28,7401
非ポリマー4505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9984
ポリマ－28,7401
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.220, 104.220, 195.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1352-

HOH

21B-1380-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase L1 / Beta-lactamase type II / Penicillinase


分子量: 28740.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS COORDINATES ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE ...THIS COORDINATES ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY (SEE REFEREN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: AS, SOAKED CRYSTAL IN 5 ML DROP WITH CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND 0.005 M EDTA FOR 30 MINUTES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月5日 / 詳細: Xenocs multilayers
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.74 Å / Num. obs: 57235 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SML

1sml


解像度: 1.8→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.254 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue B THR 57 and Residue B GLU 67 are not linked. The bond length of the C-N(B) bond is 1.77. Also, residue B ARG 276 and residue B ALA ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue B THR 57 and Residue B GLU 67 are not linked. The bond length of the C-N(B) bond is 1.77. Also, residue B ARG 276 and residue B ALA 289 are not linked. The C(A)-N bond is 2.42.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20981 2909 5.1 %RANDOM
Rwork0.17158 ---
obs0.1735 54307 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 32 674 4755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9595666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6055523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39623.408179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6515617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2211531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.22315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7531.52706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21124220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09131632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3434.51446
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 202 -
Rwork0.223 3796 -
obs--94.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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