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万見
- PDB-2h4c: Structure of Daboiatoxin (heterodimeric PLA2 venom) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h4c
タイトルStructure of Daboiatoxin (heterodimeric PLA2 venom)
要素
  • Phospholipase A2-II
  • Phospholipase A2-III
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOLIPASE A2 / NON-INHIBITOR ACIDIC PLA2 / BASIC PLA2 / HETERODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 inhibitor activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / inflammatory response ...phospholipase A2 inhibitor activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / inflammatory response / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2 daboiatoxin A chain / Acidic phospholipase A2 daboiatoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii siamensis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gopalan, G. / Thwin, M.M. / Gopalakrishnakone, P. / Swaminathan, K.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2007
タイトル: Structural and pharmacological comparison of daboiatoxin from Daboia russelli siamensis with viperotoxin F and vipoxin from other vipers.
著者: Gopalan, G. / Thwin, M.M. / Gopalakrishnakone, P. / Swaminathan, K.
履歴
登録2006年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2-III
B: Phospholipase A2-II
C: Phospholipase A2-III
D: Phospholipase A2-II
E: Phospholipase A2-III
F: Phospholipase A2-II
G: Phospholipase A2-III
H: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6978
ポリマ－110,6978
非ポリマー00
水3,585199
1
A: Phospholipase A2-III
B: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6742
ポリマ－27,6742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
2
C: Phospholipase A2-III
D: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6742
ポリマ－27,6742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12450 Å2
手法PISA
3
E: Phospholipase A2-III
F: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6742
ポリマ－27,6742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
4
G: Phospholipase A2-III
H: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6742
ポリマ－27,6742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
5
E: Phospholipase A2-III
F: Phospholipase A2-II

G: Phospholipase A2-III
H: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3484
ポリマ－55,3484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z+2/31
Buried area8120 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
6
A: Phospholipase A2-III
B: Phospholipase A2-II

C: Phospholipase A2-III
D: Phospholipase A2-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3484
ポリマ－55,3484
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_664-x+y+1,-x+1,z-2/31
Buried area8250 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.977, 66.977, 240.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Phospholipase A2-III / ACIDIC PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13632.182 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-133 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii siamensis (ヘビ) / Secretion: VENOM / 生物種: Daboia russellii / 株: siamensis / 参照: UniProt: Q7T2R1, phospholipase A2
#2: タンパク質
Phospholipase A2-II / BASIC PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 14042.034 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-133 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii siamensis (ヘビ) / Secretion: VENOM / 生物種: Daboia russellii / 株: siamensis / 参照: UniProt: Q7T3T5, phospholipase A2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: calcium chloride grid screen (Molecular Dimensions), 1.5M CaCl2, Tris-HCl (pH 9.0), 10% (w/v) PEG 4000, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9787
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月14日
放射モノクロメーター: SILICA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→17 Å / Num. obs: 36932 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rsym value: 0.074
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.164 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1POA

1poa


解像度: 2.6→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 388459.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (H,-H-K,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.475. TWINNED R VALUE (WORKING SET): 0.212, TWINNED FREE R VALUE: 0.307, TWINNED BIN ...詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (H,-H-K,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.475. TWINNED R VALUE (WORKING SET): 0.212, TWINNED FREE R VALUE: 0.307, TWINNED BIN R VALUE (WORKING SET): 0.311, TWINNED BIN FREE R VALUE: 0.3242
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 3169 9.3 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 33806 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.4634 Å2 / ksol: 0.4559 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å26.25 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----2.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7680 0 0 199 7879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.282.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 471 8.6 %
Rwork0.311 4987 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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