PDB-2h3r: Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus 4 (MuHV-4) (Mur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h3r

タイトル

Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus 4 (MuHV-4) (Murine gammaherpesvirus 68). Northeast Structural Genomics Consortium target MhR28B.

要素

Hypothetical protein BQLF2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / NESG / MHR28B / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

Herpesvirus BLRF2 / Herpesvirus BLRF2 protein / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 52 protein

機能・相同性情報

生物種

Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus 4 (MuHV-4) (Murine gammaherpesvirus 68). Northeast Structural Genomics Consortium target MhR28B.
著者: Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

履歴

登録	2006年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h3r.cif.gz	77.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h3r.ent.gz	62.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6kk9-3 2ol6-d 2i5z-d 2pi3-d 6kk9-2 2ol8-d 6j48-d 2oa5-d 3aum-d 6j5p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MHR28B

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: MHR28B

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein BQLF2

B: Hypothetical protein BQLF2

C: Hypothetical protein BQLF2

D: Hypothetical protein BQLF2

50.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hypothetical protein BQLF2

B: Hypothetical protein BQLF2

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2

C: Hypothetical protein BQLF2

D: Hypothetical protein BQLF2

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25 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Hypothetical protein BQLF2

D: Hypothetical protein BQLF2

C: Hypothetical protein BQLF2

D: Hypothetical protein BQLF2

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4

A: Hypothetical protein BQLF2

B: Hypothetical protein BQLF2

A: Hypothetical protein BQLF2

B: Hypothetical protein BQLF2

ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.926, 49.240, 88.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.61, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Hypothetical protein BQLF2 / Hypothetical protein GAMMAHV.ORF52 分子量: 12517.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Rhadinovirus / 株: 68 strain WUMS / 遺伝子: BQLF2, GAMMAHV.ORF52 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Magic / 参照: UniProt: P88989
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hypothetical protein BQLF2 / Hypothetical protein GAMMAHV.ORF52

分子量: 12517.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 株: 68 strain WUMS / 遺伝子: BQLF2, GAMMAHV.ORF52 / プラスミド: pET21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Magic / 参照: UniProt: P88989

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.81 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 80% PEG 400, 100mM MOPS, 100mM NaNO3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X4A	1	0.97912,0.97947,0.96790,0.97930
シンクロトロン	NSLS	X4A	2	0.9793

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2006年4月24日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2006年5月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SI 111 CHANNEL	MAD	M	x-ray	1
2	SI 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97912	1
2	0.97947	1
3	0.9679	1
4	0.9793	1

Reflection

D res high: 2.35 Å / D res low: 20 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
4.2	1	13.1	164307	0.094	1.37	39303	99.6
4.2	2	11.6	162423	0.089	1.16	38883	99.7
3.5	3	6.8	136808	0.088	1.13	39588	99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.31	20	94.5	1	0.076	2.471	3.8
5.04	6.31	98.9	1	0.082	2.002	4.1
4.41	5.04	99.3	1	0.077	2.048	4
4.01	4.41	99.8	1	0.076	2.007	4.1
3.72	4.01	99.9	1	0.075	1.813	4.2
3.51	3.72	99.8	1	0.077	1.565	4.2
3.33	3.51	99.9	1	0.086	1.528	4.3
3.19	3.33	99.9	1	0.093	1.326	4.3
3.06	3.19	100	1	0.104	1.219	4.3
2.96	3.06	100	1	0.116	1.18	4.3
2.87	2.96	100	1	0.133	1.162	4.3
2.79	2.87	100	1	0.173	1.104	4.3
2.71	2.79	99.9	1	0.183	1.05	4.3
2.65	2.71	99.9	1	0.229	1.037	4.3
2.59	2.65	100	1	0.219	0.989	4.3
2.53	2.59	100	1	0.264	1.033	4.2
2.48	2.53	99.9	1	0.3	1.014	4.2
2.43	2.48	99.9	1	0.36	1.045	4.1
2.39	2.43	100	1	0.363	1.021	4.1
2.35	2.39	100	1	0.443	1.02	4
6.31	20	95	2	0.068	1.731	4
5.04	6.31	99.7	2	0.065	1.428	4.2
4.41	5.04	99.9	2	0.066	1.662	4.2
4.01	4.41	99.9	2	0.067	1.632	4.2
3.72	4.01	99.9	2	0.067	1.405	4.3
3.51	3.72	99.9	2	0.072	1.277	4.3
3.33	3.51	99.9	2	0.085	1.196	4.3
3.19	3.33	100	2	0.098	1.073	4.3
3.06	3.19	99.9	2	0.118	1.021	4.3
2.96	3.06	100	2	0.141	1.029	4.3
2.87	2.96	100	2	0.161	0.983	4.3
2.79	2.87	100	2	0.231	0.996	4.3
2.71	2.79	99.9	2	0.26	0.987	4.3
2.65	2.71	99.9	2	0.33	0.997	4.2
2.59	2.65	99.9	2	0.351	0.972	4.1
2.53	2.59	100	2	0.41	0.969	4.1
2.48	2.53	99.9	2	0.436	0.974	4
2.43	2.48	99.9	2	0.625	0.958	3.9
2.39	2.43	99.9	2	0.576	0.94	3.9
2.35	2.39	99.9	2	0.705	0.96	3.9
6.31	20	97.7	3	0.05	1.766	3.2
5.04	6.31	99.4	3	0.064	1.458	3.4
4.41	5.04	99.8	3	0.062	1.53	3.4
4.01	4.41	99.9	3	0.071	1.595	3.5
3.72	4.01	99.9	3	0.089	1.456	3.5
3.51	3.72	99.9	3	0.112	1.255	3.6
3.33	3.51	99.9	3	0.141	1.109	3.6
3.19	3.33	99.9	3	0.195	1.058	3.6
3.06	3.19	100	3	0.256	1.009	3.6
2.96	3.06	99.9	3	0.344	1.011	3.6
2.87	2.96	99.9	3	0.447	0.993	3.6
2.79	2.87	99.9	3	0.681	0.987	3.6
2.71	2.79	100	3	0.746	0.954	3.5
2.65	2.71	99.9	3		0.963	3.5
2.59	2.65	99.8	3		0.93	3.4
2.53	2.59	99.7	3		0.941	3.4
2.48	2.53	99.6	3		0.916	3.3
2.43	2.48	99.2	3		0.891	3.3
2.39	2.43	99.4	3		0.889	3.2
2.35	2.39	99.2	3		0.938	3.1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 23521 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.394 / % possible all: 93.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
RESOLVE		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	1862	7.6 %	RANDOM
R_work	0.275	-	-	-
obs	0.275	20535	83.4 %	-
all	-	24620	-	-

溶媒の処理

B_sol: 43.91 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.874 Å²	0 Å²	-8.638 Å²
2-	-	-8.554 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.428 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2769	0	0	10	2779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.054	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.813	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.077	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.051	2.5

Refine LS restraints NCS

NCS model details: RESTRAINED

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.72 Å / Total num. of bins used: 37 /

	R_factor	反射数
R_free	0.352	29
R_work	0.303	436

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PAR	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	water.top

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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