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Yorodumi- PDB-2h3r: Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus 4 (MuHV-4) (Mur... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2h3r | ||||||
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Title | Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus 4 (MuHV-4) (Murine gammaherpesvirus 68). Northeast Structural Genomics Consortium target MhR28B. | ||||||
Components | Hypothetical protein BQLF2 | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / NESG / MHR28B / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
Function / homology | Herpesvirus BLRF2 / Herpesvirus BLRF2 protein / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 52 protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Murid herpesvirus 4 (Murine herpesvirus 68) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus 4 (MuHV-4) (Murine gammaherpesvirus 68). Northeast Structural Genomics Consortium target MhR28B. Authors: Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2h3r.cif.gz | 77.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2h3r.ent.gz | 62.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2h3r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h3r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12517.789 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Murid herpesvirus 4 (Murine herpesvirus 68) Genus: Rhadinovirus / Strain: 68 strain WUMS / Gene: BQLF2, GAMMAHV.ORF52 / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)Magic / References: UniProt: P88989 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.81 % Description: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 80% PEG 400, 100mM MOPS, 100mM NaNO3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.00 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | D res high: 2.35 Å / D res low: 20 Å
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 23521 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / % possible all: 93.2 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.7→20 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Stereochemistry target values: ENGH & HUBER / Details: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
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Solvent computation | Bsol: 43.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.72 Å / Total num. of bins used: 37 /
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Xplor file |
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