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万見
- PDB-2h3d: Crystal Structure of Mouse Nicotinamide Phosphoribosyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h3d
タイトルCrystal Structure of Mouse Nicotinamide Phosphoribosyltransferase/Visfatin/Pre-B Cell Colony Enhancing Factor in Complex with Nicotinamide Mononuleotide
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NMN / typeII phsophoribosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lung blood pressure / Nicotinamide salvaging / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthetic process / heterocyclic compound binding / : / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of autophagy / cytokine activity ...regulation of lung blood pressure / Nicotinamide salvaging / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthetic process / heterocyclic compound binding / : / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of autophagy / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / microglial cell activation / circadian rhythm / cell junction / nuclear speck / nucleotide binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, T. / Zhang, X. / Bheda, P. / Revollo, J.R. / Imai, S.I. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of Nampt/PBEF/visfatin, a mammalian NAD(+) biosynthetic enzyme.
著者: Wang, T. / Zhang, X. / Bheda, P. / Revollo, J.R. / Imai, S.I. / Wolberger, C.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4664
ポリマ－111,7952
非ポリマー6702
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area32680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.460, 107.960, 83.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is the same as the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 homolog / PBEF / Visfatin


分子量: 55897.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nampt, Pbef1 / プラスミド: pET-28a(+)-Nampt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli Rosetta cells
参照: UniProt: Q99KQ4, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.8
詳細: 5 mg/ml Se-Met Nampt with 10 mM added NMN and reservoir solution containing 0.1 M HEPES pH 7.8, 0.1 M Na acetate, and 14.5% PEG4000 in a 1:1 ratio in a total initial drop volume of 2 ...詳細: 5 mg/ml Se-Met Nampt with 10 mM added NMN and reservoir solution containing 0.1 M HEPES pH 7.8, 0.1 M Na acetate, and 14.5% PEG4000 in a 1:1 ratio in a total initial drop volume of 2 microliter., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.80

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9797
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 61073 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ削減
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→40.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1891749.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 3043 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 61048 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.29 Å2 / ksol: 0.380245 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.77 Å20 Å2-7.19 Å2
2---3.39 Å20 Å2
3----5.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7431 0 44 163 7638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 471 5.1 %
Rwork0.259 8795 -
obs--90.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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